kahoさんが調べられてわかったのはNCBIデータベース上のデータ（SRAのSRP038104で検索されるデータ）解析の結果，CD45+ cellのみにTCRの再構成が見られ，STAP cell，STAP stem cell，そして低phで刺激されたCD45+ cellにおいてはいずれもTCRの再構成が見られなかったとのことではないでしょうか？ バイオインフォマティクスの知識はありませんが，共有データベース上のデータからここまで分かるというのは驚きですし，すごいことだと思います．世界中でだれも気づいていないことであれば，データ解析の結果をletter to the editorの形でNatureに送ってみてはいかがかと思うのですが，どうでしょうか？
あの。。。。 (スコア:0)
kahoさんはstap細胞とstap幹細胞の違いを理解出来てないのではないですか？
至急勉強して自分の間違いは訂正してくださいね
Re:あの。。。。 (スコア:1)
ご指摘ありがとうございます．
怒りに任せて書いたのでいろいろ誤字脱字用語の混乱がありますね．解析の方では気をつけているので以降はちゃんと区別します．
kaho
Re: (スコア:0)
現時点でわかったのは、STAP「幹」細胞が分化した細胞が初期化してできたものではないって
ことですね。STAP細胞そのものはどうなんでしょうか？
STAP「幹」細胞が、STAP細胞から得られたという部分の主張が間違っていたってことですよね。
Re: (スコア:0)
kahoさんが調べられてわかったのはNCBIデータベース上のデータ（SRAのSRP038104で検索されるデータ）解析の結果，CD45+ cellのみにTCRの再構成が見られ，STAP cell，STAP stem cell，そして低phで刺激されたCD45+ cellにおいてはいずれもTCRの再構成が見られなかったとのことではないでしょうか？
バイオインフォマティクスの知識はありませんが，共有データベース上のデータからここまで分かるというのは驚きですし，すごいことだと思います．世界中でだれも気づいていないことであれば，データ解析の結果をletter to the editorの形でNatureに送ってみてはいかがかと思うのですが，どうでしょうか？
Re: (スコア:0)
そうでしたか。勘違いしていました。
理研の説明では、STAP細胞がSTAP「幹」細胞になる過程でTCR再構成のないものが
選別されるとなっていましたから。なるほど。
STAP cellでTCR再構成がないって、完全に矛盾しているじゃん。
なるほど。だとすると、「捏造」という主張をするのも、理研の説明を「言い訳」というのもうなずけます。
Re: (スコア:0)
私もそう思います．公開された手順ではSTAP幹細胞にはTCR再構成が認められないということを指摘していますが（そもそもSTAP細胞は増殖しないということで細胞そのものは残っておらず，STAP幹細胞のTCR再構成の有無しか調べられなかったのではないかと思います．），論文上ではSTAP細胞ではTCR再構成があることを示していますし，その電気泳動の図は切り貼りの疑惑がかけられています．kahoさんの指摘が確かであれば，捏造を強く疑わせます．もちろんreprogramingではなくselectionの結果として多能性を持ったSTAP細胞が存在した可能性は否定できませんが，TCR再構成の存在を指摘する部分は捏造でしょうし，論文はリトラクトせざるを得なくなるでしょう．
kahoさんの発見は現在議論になっているSTAP細胞の真偽をはっきりさせるためのかなり決定的な証拠に成りうるように思いますので，大変すごいことだと思います．ぜひ，英文にして世界に公開して欲しいと思います．
Re: (スコア:0)
私もそう思います。
日本だけでなく、ぜひ全世界に発信してほしいです。
日本の研究に対する評価をこれ以上、落とさないためにも。
TCR再構成（PCR）に関する疑問（Re:あの。。。。） (スコア:0)
ArticleのFig.1-I（切り貼りの見つかったTCRのPCR図）のレーン4と5、及び、
Extended Data Fig.2-gのレーン「Tcell STAP #1」「Tcell STAP #2」で、
再構成のバンドが見えている件は、どのように説明しますか？
Fig.1-Iの切り貼りを客観的に見るならば、
レーン3だけを「レーン１，２，（３）、４，５」の真ん中（３）に入れたように見えます。
レーン4と5もねつ造だと思われますか?
なお、Fig.1-Iの切り貼りはともかくとして、
Extended Data Fig.2-gのレーン「Lymphocyte」は、まともなPCRだと思います。
Re: (スコア:0)
プログラムを公開されるだけでも様々に適応されるように思います。しかしあやかり商法のごとく『再現に成功した』と発表するグループもきっと出てくるでしょう。常温核融合の時のように。しっかり検証する技術としても価値があるでしょう。
Re: (スコア:0)
いえ、勘違いでは無いと思いますよ。
理研の説明（公開プロトコール）では、確かに
「STAP細胞がSTAP「幹」細胞になる過程でTCR再構成のないものが選別される」
という類になっていました。
STAP細胞のTCR再構成の確認は、
ArticleのFig.1-I（切り貼りの見つかったTCRのPCR図のレーン4と5）だけでなく、
Extended Data Fig.2-gのレーン「Tcell STAP #1」「Tcell STAP #2」でも確認できているようです。
ですので、Fig.1-Iはねつ造だとしても、Extended Data Fig.2-gがあるので、
STAP細胞にTCR再構成が見つからない、という主張は、早計だと思われます。
（Extended Data Fig.2-gもねつ造だという証拠が出れば別ですが。）
Re: (スコア:0)
誤字という問題ではなくて結果を解釈できていないという指摘です
STAP細胞は分化したT細胞由来という論文中のデータについては今回の件で否定できません
STAP幹細胞が分化したT細胞由来という証拠はもともと論文中には提示されていません
この見解に同意します（Re:あの。。。。） (スコア:0)
弱酸性溶液に浸した細胞がES細胞（の類似細胞？。kahoさんの#5より）だとしたら、
ArticleのFig.1-I（切り貼りの見つかったTCRのPCR図）のレーン4と5、及び、
Extended Data Fig.2-gのレーン「Tcell STAP #1」「Tcell STAP #2」で、
再構成のバンドが見えている件は、どのように説明しますか？
なお、Fig.1-Iの切り貼りはともかくとして、
Extended Data Fig.2-gのレーン「Lymphocyte」は、まともなPCRだと思います。
STAP幹細胞がT細胞由来だという証拠は、上の方が書かれているように、
論文中には提示されていません。