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STAP細胞の非実在について#2」記事へのコメント

  • by Anonymous Coward on 2014年03月06日 8時27分 (#2557103)

    私が勘違いしているのかもしれませんが、DNA-Chipではなく、RNA seqのデータですよね。STAP細胞と比較しているCD45+細胞が、STAPの由来となった細胞とは違うということをおっしゃりたいのだと思います。ただ、一般的なCD45+細胞とmRNA発現パターンを比較しているとすれば、決定的な問題というわけでもなさそうです。もちろん、理想的には由来となったCD45+細胞をコントロールにするのが筋ではあります。TCRに関しては、元論文でも、TCRのrearrangementがSTAP細胞塊のうち、どの程度の頻度で起こっているのか分かりませんので、このRNA-Seqのデータのみで捏造と結論するのは危険だと思います。もし、CD45+からSTAPになったもののうち、10%しかT cell由来のものがなかったとしても、TCR rearrangementの有無をRNA-Seq解析から判定できるのでしょうか?当該論文では、"In addition, genomic rearrangements of Tcrb (T-cell receptor gene) were observed in Oct4-GFP+cells derived from FACS-purified CD45+ cells and CD90+CD45+T cells (Fig. 1i, lanes 4, 5, and Extended Data Fig. 2e–g), indicating at least some contribution from lineage-committed T cells."と記述されています。この"at least some contribution"というところが大事なところだと思います。「中の人」ということですので、老婆心からコメントさせていただきました。

    • by Anonymous Coward

      著者らはNatureのと今回のプロトコールとで、都合の良いときはSTAP細胞はT cell由来と言って、都合が悪いときはSTAP細胞はT cell以外の物も含まれると主張していて、どうしようもないよね。

    • by Anonymous Coward

      この人が見ているのは染色体免疫沈降実験のinput DNA。つまりgenomic DNAみたいなもんだ。だからあなたの批判はあたらない。

    • by Anonymous Coward

      RNA-Seqではなく、ChIP-Seqのinputと記述してあるが。あなたは素人か学生さんですか?

    • by Anonymous Coward

      Chromatin immunoprecipitation (ChIP)- sequencing の input でしょ?基本全ゲノムのショットガンシーケンスなのでは。

    • by Anonymous Coward

      私見では,完全にあなたが勘違いされていると思います.私もChip-seqを自分でやるわけではないので,何か勘違いしている可能性がありますが,Chip-Seqだからこそゲノム情報が分かるんだと思いますが..Chip-Seqするときはinputといって,抗体を使って特定のタンパク質が結合する部位をenrichする前のゲノム断片も一緒にシーケンスして,このInputに対してどのくらいのenrichmentがあるかを見るもんだと思います.つまり,inputというのは基本的にゲノムDNAを断片化しただけのものなんで,これらの配列情報を読めば基本的にはゲノムの情報がわかることになるわけですね.ただ,Chip-Seqするときは,本気でゲノムを読むときほどリード数を多く読まないので,完全にゲノム配列を再構成できるほどにはならないのでしょう.その辺でkahoさんは工夫されたんだと思います.

    • by Anonymous Coward

      だから、ゲノムだとしても、STAP細胞というものが、TCR rearrangementが起きてない細胞も含まれる雑多な集団だ、という逃げ道を著者らは言っていることを、コメント者は指摘しているのでしょ。
      でも雑多な細胞集団だとする場合、本当に多能性を持った所謂STAP細胞がT cell由来だという証拠がないことになるという自己矛盾を筆者らは抱えていると思うけども。

      • rearrangeしたT-cell 10%
        それ以外 90%
        で、酸処理でもこの比率がかわらないとしたら、rearrangeで抜け落ちる
        ゲノムの領域にあたるNGSのshort readの数(か、k-merかなにか?)は
        rearrangeが本当に起こったT-cellが含まれる場合

        rearrangeががあったT-cellが全く含まれなかった場合
        の比率は90:100になり、統計的にはっきり示せるかどうかですね。
        著者がゴネそうですね。

        いや、あそうか、rearrageした境界に出現するような特別な配列を探せばよいのか。それならば、鋭敏にrearrangeを検出できるかも。

        おっしゃるように著者側も最も肝心な証拠のひとつが提出できていない、ということになりますが。

        親コメント
      • by Anonymous Coward

        でも性別は変わらないんじゃない?

    • by Anonymous Coward

      全くの勘違いです。Chip-seqです。
      ちゃんと本文を吟味してからコメントしましょう。

長期的な見通しやビジョンはあえて持たないようにしてる -- Linus Torvalds

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