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この場合のインフォマティクスの意味する所について、ご教示いただけたら幸いです。
（バイオ）インフォマティクスも今では裾野がかなり広がっており，確かにイメージがつかみにくいですね．お尋ねの内容とは合致しないかもしれませんが私の考えを述べますと，今回の文脈では，簡単に言うと大量データ中心の生命科学とでもいえるかと思います．今回の論文ではRNA-seq, ChIP-seqという，遺伝子の発現を全て観測する方法，遺伝子発現の制御を網羅的に観測する方法が使われています．これらの生データを印刷しても全く意味をなしません．コンピュータで処理して初めてその意味を知ることができます．
その他にも様々な方法がありますが，膨大なデータから意味を抽出し，統計的な処理と適切なモデル設計をして仮説を検証することで，生命現象を解明しようという立場は概ね共通しているかと思います．この結果が欲しいからデータをこのプログラムにかけろ，といった下請け感覚ではなく，この仮説を検証するにはどういった規模でどのようなデータが必要か，あるいは得られたデータの特徴は何でどういったモデルでそれが明らかになるかといった建設的な議論がウェット（実験系ラボ）とドライ（解析系ラボ）の間で当たり前のように交わされるようになることを期待しています．
なんといいますか、「インフォマティクス」と「ウェットとドライの間のやりとり」との関係が一瞬分からなくなったのですが、はっきりしました。ありがとうございした。
素人同然の者ですが、なるほどね。例えば、理論物理学が実験物理学を引っ張るような時代が生物学にも来たらいいですね。
理論と実験に加えて「計算」とか「シミュレーション」を重視しようという話もあります。
# 別の理研神戸こと AICS を宜しく!
DNAが塩基配列のパターンだとわかったのは、妄想すると物理で言ったらデカルト座標が考案されたとかそんなあたりじゃないかと。生物情報を数値データ化できるようになったということで。物理ではその後、天文学者らが惑星の運動を記録、整理してケプラーの法則につながったりしています。今は塩基配列のデータが大量に取れるようになってそのデータを処理するのがインフォマティクスということでよろしかったでしょうか。
しかし、望遠鏡が広まるまで天文学者は肉眼での観測、データ処理は手計算なわけで、ある意味すごいと思ってしまう。いまや人類は高速な計算機をも手にし、それは果たして科学の発展にどう本質的に関与するのか???
60,70年代の集団遺伝学まわりでは理論生物学者がフィールドワーカーや実験屋を引っ張っていましたよ。どちらが先行するかは時代によるのでしょう。物理学も同じでは。
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アレゲはアレゲを呼ぶ -- ある傍観者
インフォマティクス (スコア:2)
この場合のインフォマティクスの意味する所について、ご教示いただけたら幸いです。
Re:インフォマティクス (スコア:3, 参考になる)
（バイオ）インフォマティクスも今では裾野がかなり広がっており，確かにイメージがつかみにくいですね．
お尋ねの内容とは合致しないかもしれませんが私の考えを述べますと，今回の文脈では，簡単に言うと大量データ中心の生命科学とでもいえるかと思います．
今回の論文ではRNA-seq, ChIP-seqという，遺伝子の発現を全て観測する方法，遺伝子発現の制御を網羅的に観測する方法が使われています．これらの生データを印刷しても全く意味をなしません．コンピュータで処理して初めてその意味を知ることができます．
その他にも様々な方法がありますが，膨大なデータから意味を抽出し，統計的な処理と適切なモデル設計をして仮説を検証することで，生命現象を解明しようという立場は概ね共通しているかと思います．
この結果が欲しいからデータをこのプログラムにかけろ，といった下請け感覚ではなく，この仮説を検証するにはどういった規模でどのようなデータが必要か，あるいは得られたデータの特徴は何でどういったモデルでそれが明らかになるかといった建設的な議論がウェット（実験系ラボ）とドライ（解析系ラボ）の間で当たり前のように交わされるようになることを期待しています．
kaho
Re:インフォマティクス (スコア:2)
なんといいますか、「インフォマティクス」と「ウェットとドライの間のやりとり」との関係が一瞬分からなくなったのですが、はっきりしました。ありがとうございした。
Re: (スコア:0)
素人同然の者ですが、なるほどね。例えば、理論物理学が実験物理学を引っ張るような時代が生物学にも来たらいいですね。
Re: (スコア:0)
理論と実験に加えて「計算」とか「シミュレーション」を重視しようという話もあります。
# 別の理研神戸こと AICS を宜しく!
理論物理と比較するのは... (スコア:0)
DNAが塩基配列のパターンだとわかったのは、妄想すると物理で言ったらデカルト座標が考案されたとかそんなあたりじゃないかと。
生物情報を数値データ化できるようになったということで。
物理ではその後、天文学者らが惑星の運動を記録、整理してケプラーの法則につながったりしています。
今は塩基配列のデータが大量に取れるようになってそのデータを処理するのがインフォマティクスということでよろしかったでしょうか。
しかし、望遠鏡が広まるまで天文学者は肉眼での観測、データ処理は手計算なわけで、ある意味すごいと思ってしまう。
いまや人類は高速な計算機をも手にし、それは果たして科学の発展にどう本質的に関与するのか???
Re: (スコア:0)
60,70年代の集団遺伝学まわりでは理論生物学者がフィールドワーカーや実験屋を引っ張っていましたよ。どちらが先行するかは時代によるのでしょう。物理学も同じでは。