「2 PFLOPSを目指すGRAPE-DRスパコンプロジェクトが始動」記事へのコメント

高速になればなるほど

[optimized (4229)]

　研究領域が広がる分野はたーくさんありますから、喜ばしいことでしょう。特に分子動力学法（ＭＤ法）なんて、未だに分子数を数えられるくらい（言い過ぎ）のモデルしか実際には解けません。

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Re:高速になればなるほど

[Anonymous Coward]

ここで言うMDはどのレベルのものですか？第一原理MDですか？

分子数という点では古典MDなら数百万個までは扱えているはずですよ。現在はどちらかといえば、分子数云々より多体効果の取り込みやタイムステップの関係上トータルの時間スケールがミリ秒に遠く及ばないことの方が問題なのでは？

Re:高速になればなるほど

[magi-bot (11763)]

周期境界の効きやすい界面や材料MD屋には分からないかもしれませんが、蛋白質などを古典MDで解く場合、一般的なclass 1 Force Field(※)を用いたとしてもご指摘の通り多体間相互作用(van der Waals, Electro Static)の計算にもっとも時間がかかります。
(※：bond, angle, torsion + vdw + eelでエネルギーをあらわすポテンシャル)
この問題を解決するために Cut Off 距離というものを設け、多体間がある距離よりも遠くなった場合は(実際には距離の二乗に反比例する関数なので、距離が遠くなったからといって0になることはないはずなのに)0とする近似をしてし

Re:高速になればなるほど

[Anonymous Coward]

分子間相互作用の扱いの難しさを言うなら蛋白質なんて巨大分子を持ち出すまでもなくアセチレンの結晶構造のMDシミュレーションで十分ですよ。

>ついでに Cut off 距離を長くできるので、より正確なシミュレーションができるようになります

上記アセチレンの例だとMDの結果は低温相では実測とは違い立方晶(Pa3)のほうが斜方晶(Cmca)よりも安定になる。原因は分子集合状態における電荷

Re:高速になればなるほど

[Anonymous Coward]

上の人は分子数が増えると計算すげー大変になるからコンピュータが早くなるのは大歓迎、ってはなしをしてるんであって、 分子間相互作用の難しさなんて言ってないでしょ。
計算量の問題とポテンシャルモデルの問題は全く別問題。
それと、新しいモデルを作るためにも計算力はあった方が良いでしょ

Re:高速になればなるほど

[Anonymous Coward]

別ACですが、水のシミュレーションで何が難しいのがわかるんでしょうか？

一連のやりとりで気になってしまったので。

Re:高速になればなるほど

[kuroyagi (2767)]

水は基本的な物質なので、これの計算は沢山の人がやっているのに、
未だにこのモデルであらゆることが再現できたって決定的な答えは
出てないから、かな？

静的構造の再現は悪いけど動的性質は再現しているはず、とか

最近は水の計算ってどのくらいのことをやっているんですかねぇ

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「それがどうした、おれたちには関係ない」