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クラックを法規制強化で止められると思ってる奴は頭がおかしい -- あるアレゲ人
同じ医療・生物分野でも (スコア:3, 興味深い)
現在ゲノムのデータベースは世界でも3箇所にしか存在していません。アメリカのNCBI [nih.gov]、
ヨーロッパのEMBL [embl.org]、そして日本のDDBJ [nig.ac.jp]だけです。バイオインフォマティックスや
ジェノミックスの講義を取った時、データベースからゲノム配列のデータを検索・ダウンロードしたり、
BLASTやEntrezなどのサービスを利用するのにタイムアウトの連続でした。P2P形式を利用して大学や
研究機関にある多数のワークステーションでBitTorrentの様にデータの断片をあちこちからダウンロードする
専用ネットワークが構築されればこのネックが解消され、ゲノムを使った研究などの作業効率がアップすると思います。
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「早くアレゲになりた〜い」by エセあれげ人間
Re:同じ医療・生物分野でも (スコア:3, 興味深い)
む？
Entrezは文献情報でNCBIを使っている限りタイムアウトの連続はあまりないと思うのですが
BLASTでタイムアウトが発生してしまうのはDDBJのシステムの問題か投げた配列があまりに
も長い配列だったり対象データベースを欲張った場合だけだと思います．
asmodeus_mtさんがシステムを利用したのがどの時期かにもよると思いますが．
またBLASTはソフトウェアが公開されており，配列データもFTPで入手できるので自前で構築
することは容易なのです．（多少のUNIXと英語の知識があれば）
なのでWEB版はあくまで自前でソフトウェアをインストールできなかったりそもそも使用頻度の
低い研究者用／学生用という心構えでいれば，P2Pにするまでもなく快適に使用することはでき
るのですね．
また配列データベースも全部をダウンロードしてその中から自分の望む配列だけを取得する
スクリプトを書けば，実はP2Pを使うよりも信用性も高いし時間もおそらく速いです．
配列データはエントリーの数があまりにも多い上に一つ一つは非常に小さいのでP2Pで配信
しようとするとピアの発見とコネクションの確立の方に時間がかかって非常に非効率になって
しまいます．
というわけで，ゲノムデータの配信ということではP2Pよりも大学単位くらいでの集中サーバの
方が効率がよいのではと思っています．というか，講義を開くならサーバくらい立てろと（笑）
一方，世界中に分散している知識をP2Pで共有しようという発想はバイオの世界でも盛んに
提案されていて，特にゲノムに意味付けを行う「アノテーション」と呼ばれる作業については
DAS [yodosha.co.jp]に多くの作業が費やされています．
これはP2Pじゃなくて分散サーバだ，と言われてしまいそうですが・・・
kaho
と、言うかねぇ (スコア:0)
IT屋さんからして見れば「はてしなく儲からないわりにうるさい人たちが多い分野」だから、赤字覚悟でないとできない。
突出したゲノム関連研究はごく一部でやっていて、それも米国の研究所や製薬企業の膨大な研究量のごく一部。某独立行政法人の研究所ののアノテーションとかバイオインフォマティクス、システムズバイオロジーなんて国内じゃえ
Re:と、言うかねぇ (スコア:2, 参考になる)
こういう経済雑誌レベルの批判はもう聞き飽きているので正直「やれやれ」と思いますが，
＞バイオ屋さんって、さかんにIT屋さんにラブコール送るんだけど
＞IT屋さんからして見れば「はてしなく儲からないわりにうるさい人たちが多い分野」だから、赤字覚悟でないとできない。
＞国内じゃえらそうなこと言ってるけど、国外に出ればどうってことない研究が多い。
いやまあその通りの部分もありますけれど，これらに対応するような発言を私はしていませんし，
#614282 [srad.jp]さんがみているのも，すごく狭い世界のような気がします．
それこそ，「ラブコール送」っている人だけじゃないかと．
能力があってちゃんとやっている人はIT屋さんにラブコール送るような馬鹿なことはしません．
せいぜいウェブサイトの構築を頼むくらいで，自分でアルゴリズムを開発してコードを書いた
方がずっと速いし正確だし，新しい課題も見えるので．
別にバイオ分野を代表して擁護しなければならない義理は何もないですが，IT屋にバイオを
学ばせるよりも生物屋にプログラムを学ばせた方が大抵はものになります．まずもって文献が
読めないことが多いので．
＞いまだにBLASTが頼りの研究じゃ後追いばかり。
BLASTなどのホモロジー検索は対象となるデータベースによって全く異なる結果を得ることが
できますので，BLAST頼りの研究が後追いになるという根拠が全く分かりません．
「OS頼りのプログラムはオリジナリティがない」「携帯頼りのビジネスはもう陳腐だ」みたいなもの？
私が元コメントで言ったように自分でBLASTをインストールすれば，データベース自体を
オリジナルなものに編集することができるので，BLASTの講義をする講座があるのなら，
是非BLASTのインストールも講義して欲しいと思っています．まあ，そこまでのニュアンスは
伝わらなかったでしょうが．
kaho