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「楽天の卜占で占ったらPCR検査でコロナって出たので本検査しろ！CT検査しろ！入院させろ！アピガンあるだけ俺に打て！ 偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！」「楽天の卜占で占ったらPCR検査でコロナって出なかったので外出するぞ集まるぞぺしゃるぞ老人の見舞い行くぞ 偽陰性？しらんがな」
> 偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！
偽陽性の場合、ただでさえ逼迫している医療リソースを無駄遣いして医療崩壊を加速するってことですね。
> 偽陰性？しらんがな
偽陰性の場合、COVID-19ウイルスを拡散してしまいパンデミックを加速すると。
今回、楽天が推奨しているように無症状の人にPCR検査を行った場合の偽陽性と偽陰性の発生数については以下を参照: https://twitter.com/konamih/status/1252222307885412353 [twitter.com]
この数値的仮定のもとだと、無症状の人1万人に対して検査を行うと106人が陽性判定となるがそのう
PCRってプライマーの設計が適切でコンタミがなければまず偽陽性が出ないので特異度99%って悪ぎる見積もりと思えるけど、実際のとこどれくらいなんだろう
だが素人採取ならそのコンタミが十分ありえる
＃と思ったけど、コンタミで偽陽性がでるなら＃コンタミするような環境にSARS-CoV-2があるってことだから＃かなり危険な環境にいるってことでもあるのか？
* コンタミが出る* 資料取り扱いミス* 書類作業のミスで1%ぐらいすぐに行きそう
実験の外側もあり得るか
おばはんが「実はうちに検査キットあるのよ」「調べてあげるからうちに集まって」とかやって何人か集めるたうちの一人が感染しててあおりを食ってその他が擬陽性とかかね、コンタミ。
擬ならまだいいですけどそんなことやってたら普通に感染しそう
調べる時に鼻に棒を突っ込むので、そこから検査してる人にも飛沫感染が予想されるので、検査時には個人用防護具を着込むんだそうです。そして一人検査する度に、回り全部の消毒が必用になる。（手袋は交換?消毒だけ？）
この辺りも、PCR検査がリソースを食う理由の一つにもなってるみたいですね。検査キット本体だけ売られてもしょうが無いですよ。まるでKobo単体で販売してるのに、それ用の電子書籍が売ってないような、中途はんぱな状態
検体採取容器にユニークIDがバーコードで振ってあって、最新のPCR検査装置が容器のバーコードでそれぞれ陽性・陰性かをデータで送る方式だと、検査における取り違え等のミスをほぼゼロにできるのでは？
保健所にある旧式検査機はそのへん職員が手動でやらないといけないのでは？
取り違え起こってたな。https://www.pref.kanagawa.jp/docs/h2d/prs/r9721898.html [kanagawa.jp]
検査キットが汚染されている可能性を考えないと
病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.9.1 から引用 https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200319.pdf [niid.go.jp]
N セット No.2 (N2 セット)Name Sequence (5’ to 3’) Position* Concentration④ NIID_2019-nCOV_N_F2 AAATTTTGGGGACCAGGAAC 29142-29161 500nM⑤ NIID_2019-nCOV_N_R2 TGGCAGCTGTGTAGGTCAAC*** 29299-29280 700nM⑥ NIID_2019-nCOV_N_P2 FAM-ATGTCGCGCATTGGCATGGA-BHQ(または QSY**)
***：Ver3 配列(TGGCACCTGTGTAGGTCAAC)とミスマッチがあるが、ウイルス RNA の検出感度に影響がないことを確認済み。Ver3 配列も使用可能。
旧配
行政検査のRT-PCRは、誤った primer sequence (NIID_2019-nCOV_N_R2)にも反応するよう条件設定されていると推測されます。molecular biology の labo で行われている RT-PCRと同一視してはいけません。
NCBI genbankに登録されたゲノム配列と比較した場合、旧配列(reverse primerなので、GTTGACCTACACAGCTGCCAに結合するはず)に一致する株はゼロ。新配列なら、若干の例外(LC534419,MT159720)を除き、厳密な条件下でも増幅産物が得られそうです。
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私は悩みをリストアップし始めたが、そのあまりの長さにいやけがさし、何も考えないことにした。-- Robert C. Pike
亀の甲 (スコア:1)
期待される効果：
「楽天の
卜占で占ったらPCR検査でコロナって出たので本検査しろ！CT検査しろ！入院させろ！アピガンあるだけ俺に打て！偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！」
「楽天の
卜占で占ったらPCR検査でコロナって出なかったので外出するぞ集まるぞぺしゃるぞ老人の見舞い行くぞ偽陰性？しらんがな」
Re: (スコア:0)
> 偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！
偽陽性の場合、ただでさえ逼迫している医療リソースを無駄遣いして医療崩壊を加速するってことですね。
> 偽陰性？しらんがな
偽陰性の場合、COVID-19ウイルスを拡散してしまいパンデミックを加速すると。
今回、楽天が推奨しているように無症状の人にPCR検査を行った場合の偽陽性と偽陰性の発生数については以下を参照:
https://twitter.com/konamih/status/1252222307885412353 [twitter.com]
この数値的仮定のもとだと、無症状の人1万人に対して検査を行うと106人が陽性判定となるが
そのう
Re:亀の甲 (スコア:1)
PCRってプライマーの設計が適切でコンタミがなければまず偽陽性が出ないので
特異度99%って悪ぎる見積もりと思えるけど、実際のとこどれくらいなんだろう
だが素人採取ならそのコンタミが十分ありえる
＃と思ったけど、コンタミで偽陽性がでるなら
＃コンタミするような環境にSARS-CoV-2があるってことだから
＃かなり危険な環境にいるってことでもあるのか？
Re:亀の甲 (スコア:1)
* コンタミが出る
* 資料取り扱いミス
* 書類作業のミス
で1%ぐらいすぐに行きそう
Re:亀の甲 (スコア:1)
実験の外側もあり得るか
Re:亀の甲 (スコア:1)
おばはんが
「実はうちに検査キットあるのよ」
「調べてあげるからうちに集まって」
とかやって何人か集めるたうちの一人が感染してて
あおりを食ってその他が擬陽性とかかね、コンタミ。
Re:亀の甲 (スコア:2)
擬ならまだいいですけどそんなことやってたら普通に感染しそう
Re:亀の甲 (スコア:1)
調べる時に鼻に棒を突っ込むので、そこから検査してる人にも飛沫感染が
予想されるので、検査時には個人用防護具を着込むんだそうです。
そして一人検査する度に、回り全部の消毒が必用になる。（手袋は交換?消毒だけ？）
この辺りも、PCR検査がリソースを食う理由の一つにもなってるみたいですね。
検査キット本体だけ売られてもしょうが無いですよ。
まるでKobo単体で販売してるのに、それ用の電子書籍が売ってないような、中途はんぱな状態
Re: (スコア:0)
検体採取容器にユニークIDがバーコードで振ってあって、
最新のPCR検査装置が容器のバーコードでそれぞれ陽性・陰性かをデータで送る方式だと、
検査における取り違え等のミスをほぼゼロにできるのでは？
保健所にある旧式検査機はそのへん職員が手動でやらないといけないのでは？
Re: (スコア:0)
取り違え起こってたな。
https://www.pref.kanagawa.jp/docs/h2d/prs/r9721898.html [kanagawa.jp]
Re: (スコア:0)
検査キットが汚染されている可能性を考えないと
プライマーの設計が適切 (スコア:0)
病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.9.1 から引用
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200319.pdf [niid.go.jp]
N セット No.2 (N2 セット)
Name Sequence (5’ to 3’) Position* Concentration
④ NIID_2019-nCOV_N_F2 AAATTTTGGGGACCAGGAAC 29142-29161 500nM
⑤ NIID_2019-nCOV_N_R2 TGGCAGCTGTGTAGGTCAAC*** 29299-29280 700nM
⑥ NIID_2019-nCOV_N_P2 FAM-ATGTCGCGCATTGGCATGGA-BHQ(または QSY**)
***：Ver3 配列(TGGCACCTGTGTAGGTCAAC)とミスマッチがあるが、ウイルス RNA の
検出感度に影響がないことを確認済み。Ver3 配列も使用可能。
旧配
Re: (スコア:0)
行政検査のRT-PCRは、誤った primer sequence (NIID_2019-nCOV_N_R2)にも反応するよう条件設定されていると推測されます。
molecular biology の labo で行われている RT-PCRと同一視してはいけません。
NCBI genbankに登録されたゲノム配列と比較した場合、
旧配列(reverse primerなので、GTTGACCTACACAGCTGCCAに結合するはず)に一致する株はゼロ。
新配列なら、若干の例外(LC534419,MT159720)を除き、厳密な条件下でも増幅産物が得られそうです。