「楽天が新型コロナウイルス向けのPCR検査キットを発売」記事へのコメント

亀の甲

[Anonymous Coward]

期待される効果：

「楽天の卜占で占ったらPCR検査でコロナって出たので本検査しろ！CT検査しろ！入院させろ！アピガンあるだけ俺に打て！
　偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！」
「楽天の卜占で占ったらPCR検査でコロナって出なかったので外出するぞ集まるぞぺしゃるぞ老人の見舞い行くぞ
　偽陰性？しらんがな」

Re:

[Anonymous Coward]

> 偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！

偽陽性の場合、ただでさえ逼迫している医療リソースを無駄遣いして医療崩壊を加速するってことですね。

> 偽陰性？しらんがな

偽陰性の場合、COVID-19ウイルスを拡散してしまいパンデミックを加速すると。

今回、楽天が推奨しているように無症状の人にPCR検査を行った場合の偽陽性と偽陰性の発生数については以下を参照:
https://twitter.com/konamih/status/1252222307885412353 [twitter.com]

この数値的仮定のもとだと、無症状の人1万人に対して検査を行うと106人が陽性判定となるが
そのう

Re:亀の甲

[shinshimashima (9763)]

PCRってプライマーの設計が適切でコンタミがなければまず偽陽性が出ないので
特異度99%って悪ぎる見積もりと思えるけど、実際のとこどれくらいなんだろう

だが素人採取ならそのコンタミが十分ありえる

＃と思ったけど、コンタミで偽陽性がでるなら
＃コンタミするような環境にSARS-CoV-2があるってことだから
＃かなり危険な環境にいるってことでもあるのか？

Re:亀の甲

[Anonymous Coward]

* コンタミが出る
* 資料取り扱いミス
* 書類作業のミス
で1%ぐらいすぐに行きそう

Re:亀の甲

[shinshimashima (9763)]

実験の外側もあり得るか

Re:亀の甲

[Anonymous Coward]

おばはんが
「実はうちに検査キットあるのよ」
「調べてあげるからうちに集まって」
とかやって何人か集めるたうちの一人が感染してて
あおりを食ってその他が擬陽性とかかね、コンタミ。

Re:亀の甲

[nnnhhh (47970)]

擬ならまだいいですけどそんなことやってたら普通に感染しそう

Re:亀の甲

[Anonymous Coward]

調べる時に鼻に棒を突っ込むので、そこから検査してる人にも飛沫感染が
予想されるので、検査時には個人用防護具を着込むんだそうです。
そして一人検査する度に、回り全部の消毒が必用になる。（手袋は交換?消毒だけ？）

この辺りも、PCR検査がリソースを食う理由の一つにもなってるみたいですね。
検査キット本体だけ売られてもしょうが無いですよ。
まるでKobo単体で販売してるのに、それ用の電子書籍が売ってないような、中途はんぱな状態

Re:

[Anonymous Coward]

検体採取容器にユニークIDがバーコードで振ってあって、
最新のPCR検査装置が容器のバーコードでそれぞれ陽性・陰性かをデータで送る方式だと、
検査における取り違え等のミスをほぼゼロにできるのでは？

保健所にある旧式検査機はそのへん職員が手動でやらないといけないのでは？

Re:

[Anonymous Coward]

取り違え起こってたな。
https://www.pref.kanagawa.jp/docs/h2d/prs/r9721898.html [kanagawa.jp]

Re:

[Anonymous Coward]

検査キットが汚染されている可能性を考えないと

プライマーの設計が適切

[Anonymous Coward]

病原体検出マニュアル 2019-nCoV Ver.2.9.1 から引用
https://www.niid.go.jp/niid/images/lab-manual/2019-nCoV20200319.pdf [niid.go.jp]

N セット No.2 (N2 セット)
Name Sequence (5’ to 3’) Position* Concentration
④ NIID_2019-nCOV_N_F2 AAATTTTGGGGACCAGGAAC 29142-29161 500nM
⑤ NIID_2019-nCOV_N_R2 TGGCAGCTGTGTAGGTCAAC*** 29299-29280 700nM
⑥ NIID_2019-nCOV_N_P2 FAM-ATGTCGCGCATTGGCATGGA-BHQ(または QSY**)

***：Ver3 配列(TGGCACCTGTGTAGGTCAAC)とミスマッチがあるが、ウイルス RNA の
検出感度に影響がないことを確認済み。Ver3 配列も使用可能。

旧配

Re:

[Anonymous Coward]

行政検査のRT-PCRは、誤った primer sequence (NIID_2019-nCOV_N_R2)にも反応するよう条件設定されていると推測されます。
molecular biology の labo で行われている RT-PCRと同一視してはいけません。

NCBI genbankに登録されたゲノム配列と比較した場合、
旧配列(reverse primerなので、GTTGACCTACACAGCTGCCAに結合するはず)に一致する株はゼロ。
新配列なら、若干の例外(LC534419,MT159720)を除き、厳密な条件下でも増幅産物が得られそうです。

Re:亀の甲

[Bill Hates (2038)]

目当ての商品を類似品ですらない商品で覆い隠して混乱させるのが楽天の得意技なので、偽陽性や偽陰性が多発するのは仕方がないのです。

Re:

[Anonymous Coward]

偽陽性/偽陰性の人達は、検査しなかったらそれはそれで病院に駆け込むし外出しますよ。
未検査だったら結局は陽性/陰性わからないんだから。

Re:

[Anonymous Coward]

根拠なく病院に来られても邪魔だしリスクばっかりだから「根拠なくPCR検査はしない」と言ってるわけ
この検査したら本人にとっては根拠になるから押しかけるだろうな

Re:

[Anonymous Coward]

> 偽陽性/偽陰性の人達は、検査しなかったらそれはそれで病院に駆け込むし外出しますよ。

いえ違います。

偽陽性で困るケース(医療崩壊を加速するケース)は、いまだとそもそもPCR検査を受けられないし
軽い風邪症状だと病院に来ること自体を断られるので、医療リソースをほとんど消費しません。

偽陰性で困るケース(感染を拡大するケース）は、いまだと会社の方から出社するなと言ってくるので少なくとも出社はしません。
ところがこの検査キットを購入して利用した会社では、陰性だからと出社を強制して社内に感染を広げてしまいます。

なお念のため書いておくと、私は専門家による正規のPCR検査については、医療リソースが足りてるのであればできる限り拡大した方がよいと考えています。
ただ保健所の過剰労働報道を見ても現状既にギリギリに近いのではないかという印象を受けてます。
長年の医療費抑制政策の影響でしょうね。

Re:亀の甲

[Anonymous Coward]

＞軽い風邪症状だと病院に来ること自体を断られるので、医療リソースをほとんど消費しません。

いえ違います。

＞＞「楽天の卜占で占ったらPCR検査でコロナって出たので本検査しろ！CT検査しろ！入院させろ！アピガンあるだけ俺に打て！
＞＞　偽陽性？他の奴？そんなこと知るか！」

という人達を断ることに、多くの人的医療リソースが消費されています。

＃つかれた、、、

Re:

[Anonymous Coward]

> 多くの人的医療リソースが消費されています。
具体的にどれぐらい？
そりゃ頭のおかしい人は一定数いるだろうけど、だからと言って必要と思われる検査をしないほどの理由なのか？

Re:

[Anonymous Coward]

暇持て余したクレーマーほどたちの悪いものはないぞ。
平気で2時間3時間業務を止めるからな。

Re:亀の甲

[Anonymous Coward]

そうしてそういう奴らが、巷のクリニックに凸って
「医師が検査の必要性を認めた」というお墨付きを分捕るから、「必要と思える」って思い込みを大量生産してる訳ですわ。
#その波に埋もれて実際に検査が必要な人を洗い出すのが出来なくなってる。

Re:

[Anonymous Coward]

もしそうなら、歓迎すべきじゃないの？元々保健所の検査の検査の処理能力は全く足りてないよね。

Re:

[Anonymous Coward]

保健所の過剰労働はPCR検査のためなのかな?
そうでもない気がするが

無理してPCR増やさなくてもCTすればええと思う
あるものを使えばいいよ

いや無理せず増やせるなら増やしてばいいと思うけどね

Re:

[Anonymous Coward]

トイぺ騒動もそうだけど、現代のインフラシステムは高度に合理化・効率化されているので、
基本マージンがない、余裕がない、んだよね。
だって誰かが言うんだもん、無駄を減らせ！
システム側もそうだけど、消費者側もお便利を理由にマージン削ってるよね。
「切れたらコンビニに買いに行けばいいや」と。
だから非日常に弱いのは当たり前。

Re:

[Anonymous Coward]

検体の取り方、検査の仕方がまともなら、偽陽性が出る確率なんて0.1%もないでしょ？
なぜか大量の偽陽性が出る前提で検査すれば医療崩壊なんてアホなことを言ってる人が大量にいるが、そういった人はPCR検査がなにか知らないんでしょ？
PCR検査はきわめて確度の高い方式

しかも、最新の検査機器は、各工程が自動化されており、前処理を手動でやるだけなので、さらにコンタミのリスクが下がる

なぜか日本じゃわざわざ保健所の職員が、手作業の多い旧世代の検査装置で、クリーンルームじゃない場所で、まともなコンタミ対策をせずに、PCR検査してるようだが

大量検査した日本以外の東アジア国家がコロナ抑え込みに成功してるんだから、日本のやり方が間違ってるとしかおもえない

Re:亀の甲

[nnnhhh (47970)]

準備が悪かったね
SARSのとき何事もなく過ごしてしまったからなぁ

Re:

[Anonymous Coward]

ちゃんとした専門家なら擬陽性を0.1%以下の想定でシミュレートしてますよ。
その上で（それより遙かに多い偽陰性の問題も合わせて検討した結果、2-3月の国内の検査体制を踏まえて）「無視出来ない」って言っていたのです。

Re:

[Anonymous Coward]

>日本以外の東アジア国家がコロナ抑え込みに成功
　成功してるのは台湾だけだろ。こういうところで正体がばれるんだから、もうちょい慎重に書きなよ。

なお、韓国式ドライブスルー検査

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Re:

[Anonymous Coward]

そもそもそういうこと言いそうな人たちが真っ先にこういった商品に手を出すんですよね