DTP関係で2001年頃からWindowsとMacの混在環境でMacサーバー使用ですが、
両クライアントとも「ファイルが二重に見える」って問題には遭ったことがありませんね。
もっともDTPって言っても主に宣伝印刷物関係ですので
ネットワーク越しに「自動処理で大量の重いファイルを扱うシビアな使い方」
はしてないですけどね。