＞Oct4-GFP発現までは正しいと思いますので

正しくないですよ．
今日笹井先生が配られた資料を見てびっくりしました．
「遺伝子発現パターンの詳細解析でも、STAP細胞は、ES細胞や他の幹細胞とも一致せず」
若山先生もトランスクリプトーム解析でSTAPは他の細胞と違うと仰っていました．
ところが，その「トランスクリプトーム解析」で分かることは，STAP細胞と呼ばれるもの同士ですら
「遺伝子発現パターン」が様々であることです．

アーティクルの方では酸処理後３日でES細胞マーカー遺伝子がある程度ESの発現に近くなり７日で
ほぼ匹敵するという図になっています．しかしレターの方ではSTAP細胞におけるこれらの遺伝子
発現はES細胞よりはるかに少ないという結果が示されています(Ext.Fig.3b)．
レターの方ではトランスクリプトーム解析は２セット行われていますが，もう片方はESに非常に近い
どころかマーカー遺伝子の発現がESより多いほどです．
トランスクリプトーム解析はOct4-GFP発現を確認した細胞で行っているものではなく細胞塊をつくった
細胞で観察したということですが，少なくともそれぞれの図ごとに非常に異なる遺伝子発現をもつ
別種の「STAP細胞」があるということを示しています．しかし同じ図に使われるデータ同士は似通っ
ているので，作成日時によってその時々の「STAP細胞」があるかのようです．
そうであれば他の幹細胞と一致しないのは当然だと思います．「STAP細胞」と同じ名で呼んでいながら
その性質は日々変わることになりますから．

また，ESよりはるかに少ないマーカー遺伝子の発現でもSTAP現象と称するならば，GFPによる蛍光の
観察はOct4やその他のマーカー遺伝子とはリニアな関係でなく，Oct4の発現がほぼ０に等しくても
GFPが観察されたり細胞塊を形成したりするのだろうということになります．
トランスクリプトーム解析ではこの論点を出す前に私の愚かなミスで自滅したので書きませんでしたが，
他の方にも是非生データから解析を行って見比べていただきたいと思います．

本人です．
私は調査委員会や検証チーム（というものが内部にあるかも知りませんが）とは無関係です．
自分の考えとして解析結果を提出はしましたが，何も要請されていませんし，こちらから情報の提供も求めていません．

関係がある場合，例えば自分の実績のために内部情報を悪用したと言われかねませんので，そうならないように注意してきました．
かつて同様の問題で苦労された石井先生がこの問題で常に言葉を選んで来られたように，法廷で研究者の常識が認められるとは限りませんので．この部分ははっきりさせておきたいと思います．

まさか，そうしておいてよかったと思うような事態になるとは想像していませんでしたが・・・

（バイオ）インフォマティクスも今では裾野がかなり広がっており，確かにイメージがつかみにくいですね．
お尋ねの内容とは合致しないかもしれませんが私の考えを述べますと，今回の文脈では，簡単に言うと大量データ中心の生命科学とでもいえるかと思います．
今回の論文ではRNA-seq, ChIP-seqという，遺伝子の発現を全て観測する方法，遺伝子発現の制御を網羅的に観測する方法が使われています．これらの生データを印刷しても全く意味をなしません．コンピュータで処理して初めてその意味を知ることができます．

その他にも様々な方法がありますが，膨大なデータから意味を抽出し，統計的な処理と適切なモデル設計をして仮説を検証することで，生命現象を解明しようという立場は概ね共通しているかと思います．
この結果が欲しいからデータをこのプログラムにかけろ，といった下請け感覚ではなく，この仮説を検証するにはどういった規模でどのようなデータが必要か，あるいは得られたデータの特徴は何でどういったモデルでそれが明らかになるかといった建設的な議論がウェット（実験系ラボ）とドライ（解析系ラボ）の間で当たり前のように交わされるようになることを期待しています．

ご心配ありがとうございます．
元コメントは既に学術論文として投稿しましたという意味です．

研究内容としてもちょうど合致していますので，出版されることになりましたらそちらを見てご判断頂ければと思います．

内容が予想されたので会見は見ていませんが，長時間お疲れ様でした．
こちらはこちらで，サイエンスの課題として雑誌上での活動をするつもりです．
あまりにも実験ノートがプアだと調査が遅々として進まないという逆説もありえますし，証拠の確保も遅すぎたとは思いますが，単に撤回して終わりにはしないでもらえればと思います．

その通りでした．すみません．訂正します．

大変失礼しました．見落としていました．
このデータでのES細胞マーカー遺伝子の発現で議論したほうが良かったですね．
近いうちに修正します．

これについて回答します．
論文中にはどのマウスを使ったか書かれていませんので正確には分かりません（こういう不備も多い論文です）が，一般論としてレポーター遺伝子（今回はGFP）を導入する場合はターゲットの遺伝子の上流のプロモーターだけではなく，周辺（上流下流両方）のエンハンサー配列も一緒に導入します．そのためプロモーターだけでなく，もっと広い範囲の配列が観察できます．
実際JAX labや理研BRCで入手できるOct4-GFPマウスはエンハンサー領域も含めた導入がされていることがデータベースからわかります．

また，レポーター遺伝子の発現がよく分かるように，マルチコピーで導入されることもよくあります．
今回の図はOct4のプロモーター及びエンハンサーがゲノム中に複数挿入されていることを示すものです．
それ以外にもGFPの配列も存在するため，論文で使われているもののうちOct4-GFPであろうと考えました．

ご指摘ありがとうございます．
怒りに任せて書いたのでいろいろ誤字脱字用語の混乱がありますね．解析の方では気をつけているので以降はちゃんと区別します．