ゲノムの塩基数が最少の細菌が発見

Anonymous Coward曰く、"毎日MSNにて、 理化学研究所や東京大学の研究チームが、 全遺伝情報(ゲノム)の塩基数がこれまでで最も少ない16万対の細菌を 発見したとのこと。この細菌はカルソネラという、エノキ類の樹液を 吸う昆虫キジラミと共生関係にある細菌らしい。 ヒトは30億対、大腸菌は460万対のゲノム塩基数があるらしいが、 こっちの数の多さのほうが驚いてしまう。"

1対は2ビット？

[takegata (26121)]

ならば 32万ビット=40kバイト
むむむ・・・・

Re:1対は2ビット？

[JnJ (23012)]

一対は4ビットでは？

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Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

相補的だから2ビットで充分

Give me four bit.

[TarZ (28055)]

そこはぜひ、「2ビットで十分ですよ！」と書いてほしかった…。

Re:1対は2ビット？

[JnJ (23012)]

そりゃそうか。
ちょっと考え違いしてました。

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LAN内LAN稼働中

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

相補的だから、片鎖だけをみればよい、というのはわかる。
けど、それぞれは4ビットなのではないかと思うのですが、なんか考え違いしていますか。

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

＞それぞれは4ビットなのではないかと思うのですが、なんか考え違いしていますか。

はい。4ビット = 2^4 =16値もいらん。とりうる値はACGTの4つなので、それを表すためにはやっぱり「2ビットで十分ですよ」。

＃まぁirregularな塩基や、メチル化なんて情報もあるけどそれはそれとして、基本的にはね。

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

てことはヒトは 60億ビット=750MB かぁ
むむむむむ・・・・・

Re:1対は2ビット？

[stssk (27523)]

遺伝子は同じパターンの繰り返しも多いみたいだから、LHAとかで圧縮できそう。

Re:1対は2ビット？

[sakaki101 (30670)]

人には30億対もありますが，その中で実際に意味を持ってるのは5％と言われています。
つまり、ヒトは3億ビット≒38MBですね。CDロム一枚に20人ぐらい入りますね。

# 圧縮したらFDに収まるかも。

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

CD一枚くらい。

前に数TBの容量があれば人間の見たものをすべて記録できるとタレこみがあった気がする。

プログラム領域とデータ領域か・・

Re:1対は2ビット？

[Li Luxing (7797)]

「ひとりの人間を定義するのに、あるいは人が一生得る情報をぅべてためこむのに、驚くほどわずかな“ビット数”で足りるという説は、ルイス・Ｋ・シェファーの「マシン知能、恒星間飛行の代価、そしてフェルミ・パラドックス」“Machine Intelligence, the Cost of Interstellar Travel and Fermi's Paradox”（クォータリー・ジャーナル・オブ・ロイアル・アストロノミカル・ソサエティ誌、35巻2号、一九九四年六月、一五七～一七五ページ）に論じられている。この論文（想像力をかきたてることでは、お堅いＱＪＲＡＳ誌が創刊以来掲載したなかでも無類！）では、年齢百歳、記憶もパーフェクトな人間の精神全体は、10の15乗ビット（1ペタビット）で表わすことができるという。」
アーサー・C・クラーク著 『3001年 終局への旅 [amazon.co.jp]』早川書房 初版 268～269ページより引用

--
李　露星

Re:1対は2ビット？

[Li Luxing (7797)]

s /ぅべて/すべて/

# ミスってしまいました。ごめんなさい。

--
李　露星

Re:1対は2ビット？

[stssk (27523)]

ハイビジョン放送が約１６．８Ｍｂｐｓだそうなので、ハイビジョンで１００年分記録すると単純計算で６ペタバイトぐらいになりますね。

Re:1対は2ビット？

[pharmer (32222)]

>ハイビジョン放送が約１６．８Ｍｂｐｓだそうなので、
>ハイビジョンで１００年分記録すると単純計算で６ペタバイトぐらいになりますね。

そのレートだと、動きが激しいものがブロックノイズになってしまいそうです。
コーデックかレートを変えてください。

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

見た情報だけで人格を再現するつもり？

# このマッドサイエンティストめ!

Re:1対は2ビット？

[Anonymous Coward]

> プログラム領域とデータ領域か・・

とりあえず本で7冊に分割して記録できることは証明 [wikipedia.org]されています。

遺伝子数１８２

[flutist (16098)]

遺伝子の数だけ見ると、これぐらいならゲノムを設計できるんじゃないか、という気がしてきます。

妄想は飛ぶけど、細胞の外部に必要となる環境がどの程度シンプルか、によっては実際に設計するためのヒントが得られるかも。

Re:遺伝子数１８２

[M-FalconSky (8868)]

そうですね。

ただ、共生関係とのことで、いろんな必須機能を相手が提供してくれる前提でシェイプアップしているかもしれまんから、なかなか難しいかもしれません。

# それでも、これくらいならDNAシーケンサー?で1発で生成できそう...

--
M-FalconSky (暑いか寒い)

Re:遺伝子数１８２

[snurf-kim (10835)]

＞ただ、共生関係とのことで、いろんな必須機能を相手が提供してくれる前提でシェイプアップしているかもしれまんから、なかなか難しいかもしれません。

私が一向にシェイプアップできないのは誰とも共生関係を結べていないからでしょうか。

＃おなかの贅肉は一生使わない増加燃料タンク。

Re:遺伝子数１８２

[M-FalconSky (8868)]

あー(w、そうかも。

まあ、あれですよ、共生させる相手のために今から備蓄していると思えばOKです、きっと。

# お相手がろりーな方になるんじゃないかと(爆

そんな私はややチビなので、蚤になるんだろうかと想像……できません。
# ええ、できませんとも。

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M-FalconSky (暑いか寒い)

今からでも間に合う共生関係

[Anonymous Coward]

つ サナダムシ

Re:遺伝子数１８２

[shimotsuki (2505)]

DNAシーケンサは塩基配列を読む機械ですよ。合成するのはDNAシンセサイザ。でもそんな長いの作れないんじゃないですかね。

ゲノムサイズが小さいといっても別の生物と共生関係を結んでいる細菌ですから、ミトコンドリアだってそのようにみなすこともできるわけで、そうするとせいぜい2万塩基対しかないので圧勝ですね。なんだ、全然すごくないやん、と私なんかは思ってしまいますね。独立した生活を営んでいる細菌でやってくれないと。

Re:遺伝子数１８２

[kaho (2741)]

＞でもそんな長いの作れないんじゃないですかね。

Craig Venterのところでは既に5,386塩基のバクテリオファージの合成に成功 [venterinstitute.org]
してますからそれから３年ということも考えると無理とはいえないのではないかと．
これくらいの長さになるとシンセサイザーは短い断片を作るだけに用い，PCRでつなげて
いくようです．

ここはSynthetic Biology [nature.com]を大きなターゲットにしていますので，バクテリアゲノムの合成もやろうと
していることは間違いないと思います．
既存のバクテリアをトランスフォームすればいいじゃないかという気もするのですが，完全にコントロールした
状況で新薬や化学物質の合成に使いたいのだそうです．

また，Nature Web News [nature.com]の記事ですと，この研究と同時になってしまったので残念だった，
同じく小さなゲノムサイズのバクテリアを報告したグループの研究者は「人工的に合成できるほど小さい」と
コメントしています．

--
kaho

Re:遺伝子数１８２

[teratera (19792)]

確かに独立生活してない細菌なので、『ぜんぜんすごくない』かもしれません
ですが、細胞とミトコンドリアの関係よりも、こちらの共生生活の方が関係がクリアにできそうなので、『生命の最小構成』の解明にはそれなりに貢献してくれるのではないでしょうか

Re:遺伝子数１８２

[shimotsuki (2505)]

ええ、ですから、「全然すごくない」のは塩基数の少なさの話で、それ以外の点で非常に面白い発見であることは間違いないと思います。要するに私が言いたいのは塩基数の少なさに着目したマスコミ報道が的外れだということです。まぁミトコンドリアなどの細胞小器官との共生が～という点にタレコミのリンク先記事は最後で触れてはいますが。

共生

[phpoobar (26216)]

というのがポイントですね。→共生 [wikipedia.org]

　だから、遺伝子の数も少なくて済むと。リンク先を読むと相利共生のようです。DNAを複製する遺伝子も欠いているそうで。。

　いずれにせよ、ゲノムが小さければ、それだけ遺伝子も少なく、解析もしやすく、生物進化の解明には役立ちそうです。タンパク質の数はどうなんだろ。

　もともと、ミトコンドリアなども、細胞内共生をしていた細菌が起源と言われているので、その進化の過程を見ているようで興味深いものがあります。もっとゲノムサイズの小さな細菌は、いくらでもいるんでしょうね。単に解析されていないだけで。

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--- Dead Poet Social Club

感染希望！

[LightSpeed-J (4514)]

簡単に特定の薬で死んでくれて、
脂肪を淡々と消費して熱にしてくれる細菌に、
感染してしまいたくなりました。

そういうのを、
設計できるようになったら、
俺もこんなに太らずに済むことでしょう。

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-- LightSpeed-J

Re:感染希望！

[ei (19798)]

| …脂肪を淡々と消費…

脂肪組織 [wikipedia.org]は「重要な内分泌器官」だそうで、うっかりその細菌が死んでくれないと、命に関わるかも知れませんね。

Re:感染希望！

[Anonymous Coward]

＞脂肪を淡々と消費して熱にしてくれる細菌
もちろん燃焼には酸素が必要ですし、余剰分の熱を逃がさなくてはいけませんので
ダイエット＝感染期間は電車・エレベーターの中でも、仕事中・食事中でも
常に汗だく(；´Д`)ﾊｧﾊｧな状態になりますけど、よろしいでしょうか？

Re:感染希望！

[Ultramarine (24090)]

つまりは今と同じですね。

Re:感染希望！

[Anonymous Coward]

>簡単に特定の薬で死んでくれて、
>脂肪を淡々と消費して熱にしてくれる細菌に、
>感染してしまいたくなりました。
つ「グレイ・グー」

記事のタイトル

[Anonymous Coward]

誤 : ゲノムの塩基数が最少の細菌が発見
正 : ゲノムの塩基数が最少の細菌を発見

Re:記事のタイトル

[Lurch (10536)]

見つかったのは人の方？
人に寄生できるようになりそうでやだな^_^;

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惑星ケイロンまであと何マイル？

Re:記事のタイトル

[Anonymous Coward]

正 : ゲノムの塩基数が最少の細菌を発見

ゲノムの塩基数が最少の細菌に再見