地球シミュレータを使おう 110
ストーリー by yoosee
人生、宇宙、すべての答えを計算だ 部門より
人生、宇宙、すべての答えを計算だ 部門より
Sakkanen 曰く、
地球シミュレータといえば5期連続でTop500ランキングでトップを記録したスパコンだが、海洋研究開発機構のリリースによれば、その地球シミュレータの有償利用サービスが拡大されたとのことだ。
利用計画の10%以下を限度とした事前評価利用は無償。本格計算に関しては1585円/1ノード×時間とのこと。地球シミュレータの計算ノードは NEC SX-5 のCPUモジュールを1チップ化したもの8個でメモリを共有するもの。地球シミュレータ利用についてのページを見ると "平和目的の利用" が前提というのは気になってしまうが、日本の法人であって大規模シミュレーションを効率的に実行出来る能力があればいいということに見える。電気代だけで数億円とも言われるこの巨艦を使って計算するなら何がいいだろう。
年金加入記録データの照合 (スコア:5, おもしろおかしい)
Re:年金加入記録データの照合 (スコア:1, おもしろおかしい)
シミュレーション用のプログラムの実装例ですが、こんなもんでよろしいでしょうか？
なお、上記の実装の長所としては、ほぼ0に等しい計算コストで、極めて精度の高い結果を出せる事、欠点としては、計算コストが著しく低い為、地球シミュレータを使用する必然性が無い事と、「年金加入記録データの照合が1年で終わるか」と言う問題に特化しすぎており、他の問題に流用可能なアルゴリズムでは無い事が挙げられます。
Re:年金加入記録データの照合 (スコア:1)
意外と汎用的な気がしますよと、郵政民営化関係の人が言ってました。
Re:いやいや、もっと実践的な… (スコア:1)
Re:いやいや、もっと実践的な… (スコア:1, すばらしい洞察)
Re:年金加入記録データの照合 (スコア:1, おもしろおかしい)
Re:年金加入記録データの照合 (スコア:2, おもしろおかしい)
＃その計算はどのコンピュータでやったのか?
おきまりですが (スコア:5, おもしろおかしい)
何秒で処理が終わるかな？
Re:おきまりですが (スコア:5, おもしろおかしい)
- 無限ループでも3秒、調子がよければ1.25秒で処理を完了
- Linpackベンチマークで測定不能値をたたき出すことは朝飯前
- 50年後の海洋温度シミュレートでは、計算開始前に早くも「地球オワタ！＼(^O^)／」宣言
- 大気シミュレートではどんな天気予報でもピタリと現実に。夏に雪を降らせたことも
- シミュレート結果だけで現実の戦争回避
- 病気の子供にπの最終桁を約束
Re:おきまりですが (スコア:2, おもしろおかしい)
やっぱ５秒位で終わんじゃね？
# さっきコンパイラ君に「ここ無限ループでつよ」て怒られたAC
Re:おきまりですが (スコア:4, おもしろおかしい)
Re:おきまりですが (スコア:1, おもしろおかしい)
最後のフロンティア (スコア:2, おもしろおかしい)
＃「恐怖のコンピュータＭ－５ [cocolog-nifty.com]」というタイトルを見て、
＃「ソード社？」と思ったことがあるのでＡＣ。
Re:最後のフロンティア (スコア:1)
http://www.f7.dion.ne.jp/~moorend/news/2005020901.html
Re:おきまりですが (スコア:1, おもしろおかしい)
・１から１００までの合計でも無限ループ (スコア:1)
while(){
i++;
total+=i;
if (i=100) break;
}
printf("%d",i);
こうですか？おわりません！
Re:・１から１００までの合計でも無限ループ (スコア:1)
> if (i=100) break;
i=100の式の値は100なのでbreakされませんか？ 無限ループじゃないような。
Re:・１から１００までの合計でも無限ループ (スコア:1)
totalさんは、使い捨てられ、「所詮私は影のモノ」といいつつ、
最初の値も良く分からず、１増えて捨てられると…
Re:・１から１００までの合計でも無限ループ (スコア:1)
while(1)
ですね
まだ誰も言ってないな。 (スコア:5, おもしろおかしい)
# あ、石投げないで。
全生物の系統解析 (スコア:3, 興味深い)
個人的にはこれ。ま、地球シミュレータのパワーでも足りない気がしますが、地球シミュレータのパワーでどこまでできるのか、には興味があります。
ちなみに、
4種で3
5種で3x5=15
6種で3x5x7=105
…
100種で1.700459e+182
の系統樹があり得ます。
得られている塩基配列データから各系統樹の尤度(=その系統樹においてその塩基配列が実現する確率、その系統樹の良さを表す)を計算して比較するわけですね。
まぁ全樹形探索は不可能と言っていいので局所探索とショットガンでやることになると思いますが。
ちなみにNCBI Taxonomy [nih.gov]に登録されているデータによると脊椎動物だけで37,120種だそうです。統計解析ソフトRのパッケージAPEに入っているhowmanytrees()関数ではあり得る樹形数を計算することはできませんでした(Infになる)。
1種1個体としても全樹形探索は絶望的な数ですね。1樹形の尤度最大化だけでも猛烈に重いでしょう。
Re:全生物の系統解析 (スコア:2, 参考になる)
組み合わせの数が膨大であるのはその通りなのですが、それらを総当たりでやらなければならない必要性はありませんよね。
逆にそんな総当たりは非効率なアルゴリズムというもので、ちゃんと枝切りをすべきです。
今更類人猿の系統樹からヒトだけを抜き出して昆虫の分類に入れて計算させる意味はありませんから。
それどころか、よく用いられる最尤法で系統樹を決める方法は本質的に組み換えを考慮していないので、半数体でない生物ではミトコンドリアくらいにしか使えません。
更に困ったことに最尤な樹形が得られたとしても、その樹形と殆ど同じ尤度の樹形も無数に存在しているので、それが正解だと言うことはためらわれます。
という前提があるので、私は計算時間とサンプル数があればという分子進化の研究者の話は話半分に聞いています。
＞1種1個体としても全樹形探索は絶望的な数ですね。1樹形の尤度最大化だけでも猛烈に重いでしょう。
１樹形に固定したら最大化は必要ないかと。一つの樹形の尤度計算はO(N)なので重くもないと思います。（多分おおまかな部分は固定した後の最適化のことをお話しだと思いますが）
そして尤度計算に必要なのは猛烈な樹形の生成とlog(x)の足し算になるので、ベクトル計算の出てくる余地はかなり少ないでしょう。
こういう計算にはESよりもクラスタ型の方が似合うと思います。
kaho
地球を呑むｗ (スコア:2, おもしろおかしい)
Re:地球を呑むｗ (スコア:2, 興味深い)
あらあら！CPUサンもまだ若いから (スコア:1)
Re:あらあら！CPUサンもまだ若いから (スコア:1, 余計なもの)
人工知能 (スコア:1)
TomOne
PS3何台分だろう (スコア:2, 興味深い)
プログラミングはさておき (スコア:2, おもしろおかしい)
>> 最適パートナーの算出結果 (0.14 秒)
>> あなたのパートナーに適合する人類はみつかりませんでした
そして男は宇宙を目指す。
Re:プログラミングはさておき （余計なもの希望） (スコア:5, 参考になる)
＃恋愛は天使の気まぐれ。結婚は悪魔の契約です。
＃壮大なストーリ。空転するアイディア。
もし使えるなら (スコア:1, 興味深い)
チェスや将棋よりかは楽な気がする…
Re:もし使えるなら (スコア:3, 興味深い)
他はギネス狙いでπの桁数更新とか？
ルービックキューブ (スコア:3, 興味深い)
先に言われちゃった。
こないだの論文では残念ながら証明できていなかった [srad.jp]から、26手を狙ってみてもいいですね。
Re:もし使えるなら (スコア:1)
一年間で進歩したのだろうか
Re:もし使えるなら (スコア:1)
TomOne
平和利用なので… (スコア:1, おもしろおかしい)
ES版大戦略は無理ですかそうですか。
まだ間に合うはず (スコア:1)
Re:まだ間に合うはず (スコア:1, すばらしい洞察)
それはそうと、計算には750万年かかるかも。
Re:まだ間に合うはず (スコア:1)
一応答えてくれますが。 (スコア:1)
元投稿の意図はその問いを知りたいなんですけど。
もちろん。 (スコア:1)
エビと繋げます。
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投稿処理前プレビュー確認後書込処理検証処理前反映可否確認処理後……
個人でも(カネがあれば)使えるのか? (スコア:1)
勉強するのめんどくせー。
Re:個人でも(カネがあれば)使えるのか? (スコア:2, 興味深い)
別にFORTRAN程度なら1週間もあれば使えるようになります. それと平行して計算機アーキテクチャとそれに伴ってコンパイラに渡す各種のヒント類を知る必要がありますが, これも大した事はありません. 通常のSXシリーズならうまくすると, これだけで98%から99%以上の効率で計算を回すことも可能です.
でも地球シミュレータの実力を本当に出すとなると, プログラミング以前のアルゴリズム設計(特にノード間通信量を減らす問題分割)の段階でかなりの労力が必要になります. 問題によっては原理的にダメって場合もあるかも. それでもSXアーキテクチャって比較的チューンが簡単な方なんですけどね.
# FORTRANをscratchから書けないへたれSXチューナーだったのでID
右サイドバーに (スコア:1)
# 「給与相場シュミレータ」は原文ママなので念のため。
コンパイルに使いたい (スコア:1)
Yuzam
朝食のルーチンを (スコア:1, 興味深い)
開けてない冷蔵庫から卵を取り出したり、
包みを破いてないバターをナイフで切り取ったり、
割ってない卵をそっとフライパンに置いたり。
するプログラムが完成するまで、あと何世紀かかるかなぁ
Re:朝食のルーチンを (スコア:1)
下手するとマーヴィン=ミンスキーも知らない人がいるぞ。
今日の天気が知りたい。 (スコア:1)
Re:今日の天気が知りたい。 (スコア:1, おもしろおかしい)
お幾らお支払いいただけますでしょうか
自爆の提訴 (スコア:1)
# 虎穴に入ればタイガーマスク