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日記

kahoの日記: オオカミ少年 63

日記 by kaho

STAPの話題は#5で最後にと述べましたが,少しだけ追加する必要ができましたので補足を.
聞く所によると犯人探しのようなことが起きているようでとても残念です.
今回私が投稿した内容は,神戸でNGS解析を担当した研究者を批判するものでは全くありません.
アップロードされたデータや解析内容から伺えることは,彼らは言われたデータをただとって,言われたように解析したのだろうということです.
外部に対してはプロジェクトの一員としてある程度の責任はあると思いますが,内部的には被害者という側面もあると思っています.恐らくサンプルの細胞名すら聞かされていなかったのではないでしょうか.
本当に彼らが不正な論文に加担しようとしていたのだとしたら,アップロードするデータをいくらでも加工出来たはずですが,ごく正直に,きれいなデータ(このおかげでかなり助かりました)を提供したというのが生データを見た私の印象です.

この論文にかぎらず,インフォマティクスのチームをもっと重視して,実験のデザインや目的を最初から議論し,得られたデータについても「欲しい結果」だけを求めるのでなく,その中から何か更に発見ができないか自由な解析を依頼していたら,問題がある実験は早い段階で明らかになると思います.そして,その中から新しい研究の芽もでることもあるはずです.
私自身は今でも周囲に十分すぎるほど配慮してもらっているのですが,従来的な分子生物学の成果が華やかな研究機関ではインフォマティクスがその陰に隠れがちな印象があります.
NGS解析が身近になった現代の生命科学研究では,彼らに対する敬意が適切に払われるよう期待していますし,今まではこの種の技術に馴染みのなかった研究者の方々にも,インフォマティクスに興味を持っていただけたらと願ってやみません.

この議論は賞味期限が切れたので、アーカイブ化されています。 新たにコメントを付けることはできません。
  • by maia (16220) on 2014年03月16日 19時16分 (#2564204) 日記

    この場合のインフォマティクスの意味する所について、ご教示いただけたら幸いです。

    --
    #説明責任はないです
    • (バイオ)インフォマティクスも今では裾野がかなり広がっており,確かにイメージがつかみにくいですね.
      お尋ねの内容とは合致しないかもしれませんが私の考えを述べますと,今回の文脈では,簡単に言うと大量データ中心の生命科学とでもいえるかと思います.
      今回の論文ではRNA-seq, ChIP-seqという,遺伝子の発現を全て観測する方法,遺伝子発現の制御を網羅的に観測する方法が使われています.これらの生データを印刷しても全く意味をなしません.コンピュータで処理して初めてその意味を知ることができます.

      その他にも様々な方法がありますが,膨大なデータから意味を抽出し,統計的な処理と適切なモデル設計をして仮説を検証することで,生命現象を解明しようという立場は概ね共通しているかと思います.
      この結果が欲しいからデータをこのプログラムにかけろ,といった下請け感覚ではなく,この仮説を検証するにはどういった規模でどのようなデータが必要か,あるいは得られたデータの特徴は何でどういったモデルでそれが明らかになるかといった建設的な議論がウェット(実験系ラボ)とドライ(解析系ラボ)の間で当たり前のように交わされるようになることを期待しています.

      --
      kaho
      親コメント
      • by maia (16220) on 2014年03月16日 22時53分 (#2564294) 日記

        なんといいますか、「インフォマティクス」と「ウェットとドライの間のやりとり」との関係が一瞬分からなくなったのですが、はっきりしました。ありがとうございした。

        --
        #説明責任はないです
        親コメント
      • by Anonymous Coward

        素人同然の者ですが、なるほどね。例えば、理論物理学が実験物理学を引っ張るような時代が生物学にも来たらいいですね。

        • by Anonymous Coward

          理論と実験に加えて「計算」とか「シミュレーション」を重視しようという話もあります。

          # 別の理研神戸こと AICS を宜しく!

        • DNAが塩基配列のパターンだとわかったのは、妄想すると物理で言ったらデカルト座標が考案されたとかそんなあたりじゃないかと。
          生物情報を数値データ化できるようになったということで。
          物理ではその後、天文学者らが惑星の運動を記録、整理してケプラーの法則につながったりしています。
          今は塩基配列のデータが大量に取れるようになってそのデータを処理するのがインフォマティクスということでよろしかったでしょうか。

          しかし、望遠鏡が広まるまで天文学者は肉眼での観測、データ処理は手計算なわけで、ある意味すごいと思ってしまう。
          いまや人類は高速な計算機をも手にし、それは果たして科学の発展にどう本質的に関与するのか???

        • by Anonymous Coward

          60,70年代の集団遺伝学まわりでは理論生物学者がフィールドワーカーや実験屋を引っ張っていましたよ。どちらが先行するかは時代によるのでしょう。物理学も同じでは。

  • by Anonymous Coward on 2014年03月29日 7時21分 (#2571312)

    kahoさん、素晴らしい解析を有り難うございました。私は最初、STAP細胞は桑実胚(Morula)を使った捏造実験ではないかと思っておりましたが(「球状」の形態、「胎児/胎盤の2方向性分化」からそう思いました)、小保方氏にその細工をするだけの技量があると思えず不思議に感じておりました。しかし、Kahoさんの解析により「STAP=ES」であることが強く示唆され、とても納得いたしました。

    小保方氏が、若山教授に渡したマウスと異なる系統のマウスに由来する細胞塊をSTAP細胞と称して渡したことが判明した今でも、STAP細胞の存在を信じる声が残っていることには驚きます。さらに若山教授に対して不信感を抱く声まで出ていることを聞くと非常に残念な気持ちです。

    若山教授へ不信感を示す声は、教授が「ES細胞キメラの胎盤はGFP陰性、STAP細胞キメラは胎盤がGFP陽性であった」「通常の方法でSTAP細胞のinjectionを何回も繰り返してもキメラは生まれなかったが、細胞をバラバラにせずに小塊に切り分けてinjectionしたらキメラが生まれた」と言われたことにあるようです。つまり、「STAP=ESならば最初からキメラが生まれたはずだし、胎盤でのGFP発現にESキメラとSTAPキメラで差があるという発言は出ないはずだ」ということから若山教授を非難しているようなのです。さらに丹羽氏が保有するES細胞の中には胎盤分化能を持つものもあるという話から(西川氏談)、丹羽氏が捏造に加担したような声まで聞こえてくるのは非常に残念です。

    しかし、このことは以下のように考えれば説明ができます。小保方氏がES細胞をSTAP細胞と偽って渡す時には、ES細胞(接着細胞)をそのまま渡すことはできず、「浮遊細胞塊」つまりembryoid body(胚様体;EB)のようにして渡す必要があります(STAP細胞とはそもそも「浮遊した細胞塊」なので)。通常EBはLIFを除いた培地で作製しますが、この場合はLIF存在下で作製したはずです(STAP細胞の培地がLIFを含有するので)。このためEBほどには分化せず、未分化性がそこそこ保持されていたと考えられます。おそらくEpiblast stem cell(Epi-SC)のようになったのではないかと思われます。Epi-SCはキメラ形成能はありませんが、その理由はE-cadherinの発現がES細胞よりも低いためにICM(内部細胞塊)に取り込まれないからだとも言われています(丹羽氏の談)。つまりEpi-SCのようになった細胞浮遊塊(通称STAP細胞)をトリプシン処理により細胞をバラバラしてinjectionすればキメラは形成されなくても不思議ではありません。しかしトリプシン処理をせずに小塊に切り分けてinjectionすれば、トリプシン処理によるE-cadherinの切断が起きないためキメラ形成能が保持される可能性は十分にあります。さらに「マウスEpi-SC」が「ヒトES細胞」と酷似していることはよく知られています。そして、ヒトES細胞はマウスES細胞と異なり「胎盤に分化できる」ことも有名です(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/17363553の論文のイントロをご参照下さい)。

    つまり、マウスES細胞をLIF存在下で浮遊培養して作製したスフィア(小保方氏がSTAP細胞と呼ぶもの)は、(1)キメラ形成能を保持している、(2)しかしトリプシン処理によりキメラ形成能は消失する、(3)ヒトES細胞のように胎盤への分化能を持つ、と考えることはそれほど無理がないように思われます。

    このように考えれば、若山教授はご自身が観察された実験事実を正しく伝えていらっしゃること、また必ずしも丹羽氏が持っている「胎盤に分化しやすい特別なマウスES細胞」を使わなくても今回のような事象が起き得るものと考えられます。つまり、今回の騒動は小保方氏個人の捏造事件と考えるのが一番無理がないと思います。

    調査委員会の牛歩的対応には苛立を覚えておりますが、kahoさんの素晴らしい解析結果を基に、今回の事件が一刻も早く解決されることを心から願っております。

    • >小保方氏個人の捏造事件

      同意です。
      周りの人を巻き込んだが、眼がくらんで小保方さんの行為を見抜けなかった。

    • by Anonymous Coward

      ねつ造かどうかは別にして、

      > ヒトES細胞はマウスES細胞と異なり「胎盤に分化できる」ことも有名です
      というのは本当ですか?ヒトES細胞を使って、胎盤に文化できるってことはクローン人間を作ったに等しいことですよ?
      そんな実験がなされていたとすれば、現代では倫理的に問題でしょう?

      上記の論文では
      In contrast, numerous reports have documented the ability of human embryonic stem (hES) cells to differentiate into cells of trophoblast lineage upon appropriate stimulation without genetic manipulation.
      となっていますから、tr

      • by Anonymous Coward

        胎盤というのは「胎盤を構成する細胞の元になるtrophoblast」という意味で用いました。ご指摘のように正しい表現ではないので訂正させていただきます(ヒトES細胞でキメラ実験などしないのは常識なので端折った表現をしてしまいました)。

        • by Anonymous Coward

          いやいや、あなたのこの表現は大問題でしょう。
          「胎盤を構成する細胞の元になるtrophoblast」が本当に胎盤に分化するかどうか実験されたのですか?
          完全にミスリードを招くものです。

          もし、研究者でいらっしゃるのならば、こういう表現を意図的にしたことは深く恥じるべきだと思います。

          • by Anonymous Coward

            上記の者です。
            「胎盤に分化するかどうか」、ではなく「実際に胎盤になるかどうか」ですね。
            訂正いたします。

      • by Anonymous Coward

        ヒトES細胞にBMP4を添加する事でtrophoblast系列のマーカー遺伝子の発現が上昇するという論文は確かに存在しますが、それを以ってヒトES細胞が胎盤への分化能を持つとは言えません。
        またそれを根拠にヒトES細胞と類似する性質を持つマウスEpiSCについても胎盤への分化能を有するかも知れないという考えも成り立ちません。マウスEpiSCはキメラに貢献しにくいですがしない訳ではなく、これまでに複数の報告があります。それらにおいても胎盤のtrophoectoderm系列組織への貢献を示したものは一報もありません。

    • by Anonymous Coward

      ES細胞をEBのようにして若山氏に渡した、というご発想、たしかにそうかもしれませんね。

      胎盤は母体組織の他にtrophoblast由来の胎仔組織、epiblast由来の胎仔組織から構成されます。胎仔側の血管はepiblast由来の細胞で出来ており、胎盤に入り込んでいます。ES細胞は胎仔側の血管に寄与できますので、胎盤組織の一部がGFPを発する事自体は何ら不思議ではないでしょう。現に、理研CDB丹羽研究室のトップページにGFP胎仔の写真が載っていますが、これはCAG-GFP ES細胞由来のキメラ胚の写真です(同じ写真が論文にも使用されています)。この写真をよく見

      • by Anonymous Coward

        この内容はY大のw教授が馬鹿か不正をしているということでしょうか?

        • by Anonymous Coward

          STAP細胞が胎盤に貢献したと言われているが、それがtrophblast系列である証拠は示されておらず、ICM、epiblastに由来するextraembyonic mesodermが光っているのであれば、ES細胞あるいはLIF存在下で形成したEBを用いてもFig. 1bの様な写真は取得可能だとの意見だと思います。
          つまりこれら写真は若山教授の不正を疑う根拠にはなりません。

          • by Anonymous Coward

            いやそうではなく。上述の理論からいうとesとesもどきSTAPではキメラマウスに差が出ないということになる。なのに差があるとするw教授がおかしいということになる。つまり上述 の理論ではesキメラマウスに問題があるのではないか?ということです。

            それはOさんにはできないことです。

            w教授が捏造に加わっていないと説明がつかないということです。

            • by Anonymous Coward

              キメラマウスはES細胞等の寄与率によって同じ細胞を用いても一匹一匹が異なります。本論文では高い寄与率のSTAP細胞のキメラ胚とそこそこの寄与率のES細胞のキメラ胚が比較に用いられているので、より適切な組み合わせの写真が示されるべきだったとは私も思います。上述の方も述べていますが、寄与率が十分に高いES細胞のキメラであれば、extraembryonic mesodermへの貢献を示す写真を取得する事は可能です。また実験に用いられた時点でのES細胞の状態によっても寄与率の差は生じ得ます。

              いずれにしても胎盤の一部が光って見えた事は事実なのでしょう。しかしそれらがtrophoblastに由来する組織であるのか、ICM-epiblastに由来するextraembryonic mesodermであるのか、より詳しく示されるべきだったと思います。
              この辺りの問題は著者の一人であり、この分野の専門家でもある丹羽先生の見解もお聞きしたいところです。

    • by Anonymous Coward

      wkymさんの擁護論が多いのは、擁護者が過去に書いた論文の共著者にwkymさんが含まれているから(自分の論文に変なケチをつけられるのがイヤだ)擁護している、という気がしてならない。
      wkymさんって、かなーり強引に人の論文に名前載せまくることで有名じゃない?w

      • by Anonymous Coward

        若山教授が強引に共著を要求するで有名という事は全くないと思いますが。自身の研究室内であっても筆頭著者を責任著者にしている場合が多いです。他の研究室との共同研究においては言わずもがなです。

    • by Anonymous Coward

      若山教授への不信感に関しtですが、、若山教授が小保方さんから渡された
      STAP細胞(要求とは別系統由来)でキメラを作成したとすると、
      生まれてきたキメラマウスを見れば予想とは違う毛色になりそうなものですが
      これはわからないものなのでしょうか?

      • by Anonymous Coward

        論文でキメラマウスの作製に用いられたSTAP細胞、STAP幹細胞はB6、あるいは129B6F1です(一部DBAも用いたとmaterials & methodsに記載がありますが、論文で示されてのは前述の2種類の系統についてです。)。仮にESからこれら系統から作製されたEB様の物を渡されら場合、キメラマウスの毛色では判別はつきません。
        勿論、129のSTAP細胞、STAP幹細胞のはずなのにB6や129B6F1のESだった場合は生まれてきたキメラの毛色で気付くと思いますが、本論文ではそれらからはキメラは作製されていません。
        若山教授がキメラの毛色で気付くのは、不可能だったと思います。

  • by Anonymous Coward on 2014年03月16日 23時42分 (#2564309)

    kaho様、STAP細胞のデータ解析をお疲れ様でした。

    理研に所属されている立場でSTAP細胞は実在していたのか検証しそれを公にしたことは、理研の多くの研究者の健全な姿の一つを示すという意味で、とても大きな意義があったと思います。
    これから長い道のりがあると思いますが、皆さんの取り組みが実を結び、長い目でみたときに研究者コミュニティの抱える問題点を改善へとつながることを願っています。
    今回の事件から、研究へ取り組む姿勢について、性善説にたって曖昧にするのではなく、自分達があるべき姿について具体化し、なにかあったときには速やかに検証できるような体制をとれるようにすることが必要だと感じました。
    教育の大切さを痛感し、自らの襟を正して日々の取り組みの中でサイエンスに取り組む姿勢を伝えていきたいと思っています。

    kaho様の研究の一端に触れることができ、バイオインフォマティクスの面白さを感じることが出来ました。
    自分の研究にどのように活かす道があるのか、もっと勉強してみたいと思っています。
    kaho様の投稿された論文が掲載されたときには、是非読ませて頂きます。

  • kaho様の行動に感銘を受けました。
    老婆心ながら、情報をお送りさせていただきます。剽窃であると結論づけておられます。

    難波紘二 広島大学名誉教授 略歴

    1941年広島市生まれ。広島大学医学部大学院博士課程修了。呉共済病院で臨床病理科初代科長として勤務。NIH国際奨学生に選ばれ米国NIH Cancer Centerの病理部に2年間留学し、血液病理学を研鑽。広島大学総合科学部教授となり、倫理学、生命倫理学へも研究の幅を広げ、現在、広島大学名誉教授。自宅に「鹿鳴荘病理研究所」を設立

    http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/210.html [asyura2.com]
    http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/224.html [asyura2.com]
    http://www.asyura2.com/13/nature5/msg/249.html [asyura2.com]
    ↑にメルマガの一部が掲載されています。

    難波先生のメルマガを掲載(連載)しているブログ「ある宇和島市議会議員のトレーニング」
    http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t [goo.ne.jp]
    stap細胞に関する難波先生のメルマガ第一弾は、2月4日のブログに掲載されたものだと思います。
    http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/d7bb0e2bd291f629b25ea947fcdc72e9 [goo.ne.jp]

    kaho様のご健勝をお祈りいたします。

    • by Anonymous Coward

      コメントに自ら追記します。
      難波先生の3.14のメルマガにkahoさんのことが書かれていましたので。

      http://blog.goo.ne.jp/motosuke_t/e/3b2fc995afd93fcab07751a586419044 [goo.ne.jp]
      日本分子生物学会大隅典子理事長は、ワシントンからこんな大胆な「捏造仮説」を提起している。  http://blogos.com/article/82144/ [blogos.com]  もっともSTAP細胞と称するものと若山教授が受け取りキメラマウスを作った細胞(STAP幹細胞)の遺伝子は、ES細胞の遺伝子と同じだということは、すでに指摘されているのだが。  http://srad.jp/~kaho/journal [srad.jp]  東大医科研の上昌弘教授もこの問題について、積極的に発言を開始されたとメールが来た。

  • by Anonymous Coward on 2014年03月18日 1時21分 (#2564940)

    いつでも論理的に物事を切り崩してゆくお姿は素晴らしいと感服致しております。

    騒動の最中、姿をくらませたきりの重鎮達にいらだちを覚えます。
    一部ではロンドンに行ったとか行かないとか言うウワサもありますが、
    ロンドンと言えばネイチャー本社がある場所でもあり、変な証拠隠滅や、口裏合わせなどがされることなく、
    kahoさまの報告がいち早く世界に届くことをお祈り致しております。

    • by Anonymous Coward

      このホームページの代表者プロフィール

      代表者:HP&SUN研究所を経て米国にハイテクベンチャー設立。最先端ニューラルMPUの研究開発を推進。現在はイスラエルのハイテクベンチャーCEO兼CS。知能の情報処理の根源を研究している。

      "HP&SUN研究所"でグーグル検索→このホームページ関連のページのみがヒット
      "HP&SUN laboratory"でグーグル検索→ヒットなし

      "ニューラルMPU"でグーグル検索→このホームページ関連のページのみがヒット
      "Neural MPU"でグーグル検索→ヒットなし

      どこの誰だよw

      • by Anonymous Coward

        このブログと同じ写真が出てきました(一番下):

        http://blog.goo.ne.jp/ibm_apto_ob97/m/201302 [goo.ne.jp]

        で,ここで話題になっている「大崎勝彦」を検索すると,こんなページが:

        http://kerem.co.jp/japanese_index.html [kerem.co.jp]
        http://www.kerem.co.jp/Materials/pdf/about_dr_ohsaki/04_creation_of_th... [kerem.co.jp]
        http://ibmaptoob97.blog.fc2.com/blog-entry-2.html [fc2.com]

        ヤフオクおよびmixiで見えない敵と戦っておられたようです:
        http://detail.chiebukuro.yahoo.co.jp/qa/question_detail.php;_ylt=A2RAE... [yahoo.co.jp]
        http:// [mixi.jp]

        • by Anonymous Coward on 2014年03月21日 12時53分 (#2567073)

          株式会社ケレム・ソリューションズとケレム・サイエンス・インターナショナル合資会社は昨年破産してますね。また見えない敵が増えそうです。
          http://bank-db.com/hasan/867406 [bank-db.com]
          http://bank-db.com/hasan/867407 [bank-db.com]

          いくつか本人の文章を読んでみましたが、「あれは俺が昔から考えていた」「真の発明者は俺だ」的な話ばっかりで辟易します。
          たぶん業績はあるんでしょうがIBM時代に手柄を横取りされた恨みをこじらせていろいろ残念なことになってる感じがします。

          親コメント
          • by Anonymous Coward

            上の暇人です.確かに何らかの業績はあるっぽいですね.日本IBM時代と思われる論文もいくつか見つかりました.
            見えない敵とIBMは忘れて,新しいことにがんばって欲しいものです.

            # ややオフトピでしたが,kahoさんは気にされないほうが良いかと(してないと思いますが一応).

          • by Anonymous Coward

            この大崎氏は存じておりますよ。BLOGにアップされているようにIBM社外秘の情報を自分の成果だからと言って平気で外部に出したり、また社内のルールをまったく守らずよく思っていない役員も多く、結局、クビ同様の状態で追い出されたはずです。成果についてもいい研究はされていましたが、実際には思い込みが強いところもあって、なんとも .... という感じでしたね。

        • by Anonymous Coward

          さらにこんなのも(暇人)…

          http://pioneersecurity.jp/company.html [pioneersecurity.jp]

          よくわからん.

    • by Anonymous Coward

      http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1395140333/475 [2ch.net]
      「まず,CD45+s細胞はTCRの再構成がわずかに見られます.しかしSTAP細胞,そして低pH環境下においたCD45+細胞では再構成は観察されなかったのです.
      これが私の解析が悪いせいなのかと思い,全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが,他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました.つまり,STAP細胞はT細胞由来ではなかったのです.」
      http://srad.jp/~kaho/journal [srad.jp]

      → 全く異なるT細胞のデータを使って調べましたが,他のデータでは確実にTCR再構成を観察することが出来ました.

      http://ai.2ch.net/test/read.cgi/life/1395140333/661 [2ch.net]
      あれ? っていうかこのひと自分で「CNVが約1

    • by Anonymous Coward

      上記ブログポストに
      kahoは統計学の知識もなく、オッズ比、信頼区間もわかってない、
      というコメントがありました。
      統計に心得の有るものの目からみると、確かにkahoさんの使われ方は、
      それらの教科書的な意味からずれていると思います。その点で、まあ、トンデモな指摘でも
      ないとは思います。
      ただし、そのことと、この手法の正当性は別の問題だと思います。

      • by Anonymous Coward

        確かに教科書的な使い方ではないかもしれませんが,kahoさんの解析は要するに二つのデータが似ているかどうかの検証なわけで,検証手法の詳細という意味では特に問題はないのでは?もちろん,違う手法はいくらでも考えられると思います.

        違う検証手法でkahoさんの結論とは全く違う結論が得られた,という指摘ならわかりますが,このブログポストはただ「間違っている」と繰り返しているだけです.反論する意味がないと思います(「お前がそう思うんならそうなんだろう お前ん中ではな」的な意味で).

        # 「kahoのやったことは、異なる2個の塩基配列を比較するのに・・・」から始まる文は「塩基数」と「リード数」の違いを意図的に無視してるんでしょうか?

        • by Anonymous Coward
          「kahoのやったことは、異なる2個の塩基配列を比較するのに」の段落、何回読んでも意味が分からない… NGSでCNVを調べるのにゲノムにアライメントしたリード数(depth of coverage)を使うのは普通だと思うのですが。 もしかしてこのブログポストの人、アライメントしてないリードをそのまま数えてるものだとでも勘違いしてるとか?
  • by Anonymous Coward on 2014年03月22日 21時32分 (#2567669)

    「アンチ・小保方STAP細胞の匿名ブログ『kahoの日記:STAP細胞の非実在について』のエセ科学性」
    は、まんざらトンデモ指摘やこれまでの内容に対する感情的な誹謗中傷でもないと考えられます。
    ここまで、本ブログを1行残らず読んできた我々読者の側からすると、上記内容に対するkahoさんのご意見をぜひお伺いしたいと思います。
    これまでの理論を詳細に展開されてきたブログ主の「当然の責務」として・・・・・

    • by Anonymous Coward

      「当然の責務」などと大げさな事を書かれておりますが、率直に申し上げて、
      「アンチ・小保方STAP細胞の匿名ブログ『kahoの日記:STAP細胞の非実在について』のエセ科学性」
      に書かれた内容がトンデモであることが理解できない方にとって、説明は無意味ではないかと思います。

      本ブログを1行残らず読まれたとのことですが、内容を理解していらっしゃいますか?
      問題の記事は全体がおかしな主張に満ちていますが、具体的にどの指摘に対して反論が必要だと考えるのでしょうか?

      非専門家の方が専門的な内容を理解できないのは何ら恥じるべきことではありませんが、
      自らの不明を棚に上げて他人に説明を強要するのは恥ずかしいことだと思います。

  • 今となってはあまり意味がないかもですが、STAP細胞の元がCD45+脾臓由来細胞(多くがB細胞)なので、KahoさんのデータをいじくるとB細胞受容体(BCR)の再構成のデータも得られるのではないかと思っていじってみました(素人なもので勝手にいじってもよいのかですが、すみません)。

    BCRの構成要素のひとつであるIgHの遺伝子座の情報はNCBIのサイト(http://www.ncbi.nlm.nih.gov/gene/111507)によると、Chr12:112,910K-116,350K bpにあるので、その情報をKahoさんの提示されているUCSCのサイトにいれると次のように出てきます。

    BCR(IgH)
    http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]

    これからすると、CD45+細胞とES細胞の比較でこの部分には広範囲な抜けがあることがわかりますが、一方STAP細胞もしくはSTAP幹細胞とES細胞の比較ではこの部分に抜けがなく、B細胞再構成も認められない細胞の可能性が示唆されます。(またT細胞のときにポジコンになったDPT細胞とFL細胞比較でも今回はネガコンとして働くはずでこの部分には抜けがありません)。

    ただ一つ気になるのは、見ている範囲をたとえばこの12番染色体全体にするとわかるのですが、CD45陽性細胞とES細胞の比較ではこれ以外にもいくつか広範囲な抜けが見つかるのです(おそらくB6と129/B6といったストレインの違いによるのではないでしょうか?)。
    (12番染色体全体)
    http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367880223#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]

    のような感じです。kahoさんが以前に指摘されていたTCR再構成のある染色体たとえば14番でもそうで、見ている範囲を14番染色体全体にすると以下のようにTCR以外の遺伝子座の部分にも抜けが見つかります。

    (14番染色体全体)
    http://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTracks?hgsid=367879847#hgTracks?db=mm... [ucsc.edu]

    このことは、CD45+/ESCの比較のような差が、STAP/ESCとの比較で見られないからといって、TCR再構成がないとクリアにいいきれないということを意味するのではないかと思いますが、いかがでしょうか?

    もう一つ気になる点はこれら12番、14番染色体のリード数のパターンをみていると、CD45+とES細胞及びSTAP幹細胞はかなり離れたものの気がしますが、STAP細胞はCD45+細胞とES細胞の中間のような存在ではないかとおもいます。これはES細胞=STAP細胞=STAP幹細胞と分析されたCNVのデーターとは相関しない気がします。これはDepthが低いため信頼性がないということでしょうか?

  • by Anonymous Coward on 2014年03月26日 21時47分 (#2569801)

    「STAP細胞」の存在そのものに疑念 依頼したのと違うマウスの細胞だった!
    www.j-cast.com/2014/03/26200258.html

        理化学研究所の小保方晴子・研究ユニットリーダーらが執筆した論文に写真の使い回しや盗用が疑われている問題で、新型万能細胞「STAP細胞」の存在そのものすら危うくなってきた。小保方氏が作成したとされるSTAP細胞の遺伝子を調べたところ、実験には使用しなかったはずのマウスの細胞だったことが2014年3月25日明らかになったからだ。

          このマウスは別の万能細胞「胚性幹細胞」(ES細胞)作製によく使われており、小保方氏がES細胞をSTAP細胞と偽っている可能性すら出てきた。ネット上では小保方氏が好きなムーミンにちなんで「ムーミンポエム」と呼ばれる正体不明の書き込みが話題になっており、このマウスの問題も早い段階から指摘されていた。

    「129」の毛色は白だが「B6」は黒

          NHKなどによると、共同研究者の若山照彦山梨大学教授が凍結保存していたSTAP細胞2株を調べたところ、新たな疑惑が明らかになった。

          若山氏は、論文執筆の参考にするため、「129系統」と呼ばれるマウスを渡して小保方氏にSTAP細胞の作製を依頼した。小保方氏はこのマウスの細胞を弱酸性溶液で刺激したところ、状態のよいSTAP細胞ができたとして若山氏に渡したという。

          ところが、論文をめぐる疑惑を受け、小保方氏から受け取った細胞を改めて調べたところ、細胞は「B6」というマウスと、「F1」と呼ばれるB6と129の子どものマウスに由来したものだということが分かった。「B6」「F1」は、この実験では使用されていないマウスだ。

          ただ、「129」「B6」「F1」のマウスは、ES細胞の作製には広く使われている。

          さらに、「129」の毛色は白なのに対して、一般的に「B6」の毛色は黒だ。マウスの毛色は生まれてから数日後には判明するので、誤ってマウスの種類を取り違えたとは考えにくく、故意に差し替えた疑いがある。

          今回問題になった細胞については「ネイチャー」の論文の中では直接触れられている訳ではないが、いまだにSTAP細胞作製の再現実験は成功しておらず、作製過程に根本的な疑問が浮上した形だ。

    ===========================================================================================================

    STAP細胞 実験マウスに新たな疑問
    3月25日 NHK www3.nhk.or.jp/news/html/20140325/t10013233571000.html

    STAP細胞を巡る問題で、小保方晴子研究ユニットリーダーがマウスから作り出したとしていたSTAP細胞2株の遺伝子を共同研究者が調べたところ、この細胞が、実験に使われていないはずの別の種類のマウスのものだったことが、関係者の証言で分かりました。専門家は、論文で出来たとされ凍結保存されている8株のSTAP細胞すべてについて詳しく調べるべきだとしています。

    これは、神戸市にある理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの関係者が、NHKの取材に対し明らかにしたものです。
    それによりますと、遺伝子が調べられたのは、共同研究者の若山照彦山梨大学教授が特殊な処理をして凍結保存していたSTAP細胞2株で、若山教授がどんなマウスからでも作製が可能か調べるため、小保方さんに論文の実験で使ったのとは異なる129系統という種類のマウスを手渡し、作製を依頼したものです。
    小保方さんは、シャーレの中で129系統のマウスの細胞を刺激したところ、状態のよいSTAP細胞の塊が2つ出来たとして若山教授に渡したということです。
    ところが、一連の問題を受けてこの2株の細胞の遺伝子を調べたところ、細胞は129系統のマウスのものではなく、いずれもこの実験には使っていないはずのB6とF1という2種類のマウスのものだったことが分かりました。
    今回検出されたB6、F1、それに129の系統のマウスは、いずれも万能細胞の1つ「ES細胞」を作るのによく使われ、研究の現場では、これらのマウスから作ったES細胞が広く実験に使われています。
    日本分子生物学会の理事長も務める大隅典子東北大学教授は、「STAP細胞が、実際にはES細胞だったのではないかという疑念を持つ研究者は少なくない。こうした疑念を晴らすためにも、理化学研究所は、今回の2株だけでなく論文の8株についても遺伝子を詳しく解析し、結果を早急に公表すべきだ」と話しています。
    これについて理化学研究所発生・再生科学総合研究センターの竹市雅俊センター長は「今後、詳細な検証を若山教授と協力しながら進めていきます」と話しています。
    また理化学研究所の広報は「この問題について今の段階で、小保方自身がコメントすることはできません」と話しています。

  • by Anonymous Coward on 2014年04月01日 18時48分 (#2573491)

    他のことをしながらだったので正確ではなく聞き間違いかも知れないのですが、こちらのkahoさんの解析による指摘について「信用ならない」みたいなことを言っていませんでしたか?

    • by Anonymous Coward

      1.
            「こちらのkahoさんの解析による指摘について」 
          言及の対称を明らかにしていなかったので、このブログの解析のことを言っていたかどうかは、不明。

      2.
            「「信用ならない」みたいなこと」
          データの解釈には今後の精査が必要、みたいなことではありませんでしたっけ?

  • by Anonymous Coward on 2014年04月02日 11時17分 (#2573911)

    小保方さん、自分が正しいと思うなら周りの圧力に負けずに貫き通してください。

    stap細胞という常識外れの発想で、誰も信じてくれない時に助けてくれた人達に情が湧くのは普通のことです。

    しかし、進む道が分かれてしまったなら、そこは情を捨てるべきです。今周りの人の行動が理解できないと感じているかもしれません。なぜ自分よりも頭の良い人たちがこんな行動にでるのか?私を貶めようとしているのか?そう感じる場合、周りが馬鹿だという条件を加えてください。人間というものは保身に走ると周りが見えなくなるものです。つまり馬鹿になるのです。そこに悪意はありません。私も経験して憤りを感じましたが、人間は保身に走ると人を死なしてしまうことも平気になってしまいます。なぜなら死なしてしまうかもしれないという結果さえも予測できなくなるのです。

    だから小保方さんは保身のためではなく、stap細胞というわが子を守るため貫き通してください。

    そうすれば道は開けてきます。

    常識外れの発想、発明に必要なのは、東大に代表されるような知力、知識ではなく、心の強さだと思います。特に日本という環境では常識外れな事を言い出すととても大きな圧力を受けてしまいます。そこに打ち勝つためには、保身という鎧ではとても戦えません。わが子のためになどさらに強い鎧を纏わないと戦えないのです。だから斬新な発想は、選ばれた変わった人物(一般にはおかしいと思われる人)にしか成し遂げられないのでしょう。

    応援しています。

  • 小保方nature論文はどうでもいいとして、今日の昼にネットでアップされていたバカンティ教授のコメント通り、こんな記事を発見。まだ刺激を与えて3日目(3/29時点)らしいけど。

    http://wired.jp/2014/04/02/stap-cell-theory-salvaged/ [wired.jp]

    • by Anonymous Coward

      上のwired.jp記事をアップした者ですが、追記です。

      以下のURLが、香港中文大学の李嘉豪教授が、リアルタイムでアップしている情報です。
      http://www.researchgate.net/publication/259984904_Stimulus-triggered_f... [researchgate.net]

      このサイトの3/24から、バカンティ法に基づいて実験を始めたみたいで、読んでて結構面白かったです。

      ただ、最新のコメント(現時点で13hours agoと表示)の中で、以下のように書かれていました。
      「I am not claiming that "STAP" cells exsist - only presenting the results of our research as it is - which is open to interpretation. Pleas

    • 李教授は以下のコメントをtwitterで発信しています。
      ・私はSTAP細胞が実在するなどと主張していない!それはマスコミによる誇張だ。
      ・(今回の実験結果は)エイプリルフールのジョークだと言うべきだったかも知れない。
       私はSTAP細胞の(存在の)擁護者ではないし、それらが実在するという証拠も無い。
      ・Vacanti's protocolが失敗に終わったというJaenisch教授の結果をアップしてほしい。
      https://twitter.com/ProfessorKenLee [twitter.com]

      Oct4発現上昇率も10倍程度と低

  • by Anonymous Coward on 2014年04月05日 4時11分 (#2575683)

    kako様のなされたCNV解析にとても興味を持ちました。私はバイオインフォマティクスについては素人なので十分に理解ができていないかもしれませんが、それでも色々な可能性を感じました。これまで見えなかったもの、見えにくかったものを、解りやすい形で皆に伝達する優れた手段になると期待しております。
    例えば、発生過程でどの細胞系列がどのように変化していくかを追跡するにはlineage-tracing miceによる解析しか方法がないと思いますが、マウス作製に必要な技術・費用・時間などを考えますと、誰もが手を出せるわけではありません。またlineage-tracing miceの解析では特定系列(目的系列)の細胞がどの系列に変化するかを追跡することはできますが、「任意の系列」について追跡ができるわけではありません。しかし、kaho様のなされたCNV解析を応用して、CNVの近さを指標にした樹形図を作成すれば、発生過程の細胞系列の変化を推定することが可能になるように思います。例えば、造血幹細胞の発生母体については色々な議論がありましたが、胎盤由来という当初は想定されていなかった答えも出てきていますが、今後、色々な系列でこのようなことが解っていくと様々な分野の研究に広がりが出てくると思います。

    理研のガバナンス体制について非難の声も大きくなり特定法人指定が遅れておりますが、優秀な研究者の先生が多いのも事実だと思います。先生方の個別の研究のご発展も重要だと思いますが、ぜひ万人が享受できる新しい技術の開発にも力を注いでいただけると嬉しく思います。

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「科学者は100%安全だと保証できないものは動かしてはならない」、科学者「えっ」、プログラマ「えっ」

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